1. Η οργάνωση και λειτουργία των υπουργείων, των αυτοτελών δημοσίων υπηρεσιών, των αποκεντρωμένων διοικήσεων και των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου καθορίζεται με τους Οργανισμούς των φορέων αυτών, οι οποίοι καταρτίζονται, αντικαθίστανται ή τροποποιούνται με προεδρικά διατάγματα, τα οποία εκδίδονται με πρόταση των Υπουργών Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, Οικονομικών και του αρμόδιου κατά περίπτωση Υπουργού. Επίσης, μπορεί να καταρτίζονται ενιαίοι Οργανισμοί για κατηγορίες νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου. Κατ’ εφαρμογή της παρ. 4 του άρθρου 35 του ν. 4024/2011 μπορεί με τα ίδια προεδρικά διατάγματα να αντικαθίσταται, να καταργείται ή να τροποποιείται κάθε ισχύουσα διάταξη νόμου ή κανονιστικής πράξης, σχετική με την οργάνωση και λειτουργία των φορέων που αναφέρονται στο πρώτο εδάφιο της παρούσας παραγράφου.
Η οργάνωση των οργανισμών τοπικής αυτοδιοίκησης οποιουδήποτε βαθμού, καθώς και των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου αυτών, διέπεται από τους Οργανισμούς τους, οι οποίοι καταρτίζονται, τροποποιούνται και αντικαθίστανται σύμφωνα με τις κείμενες ειδικές διατάξεις και τις διατάξεις των παραγράφων 2 και 3 του παρόντος άρθρου.
Η κατάρτιση και τροποποίηση των Οργανισμών των φορέων που αναφέρονται στο πρώτο εδάφιο της παρούσας παραγράφου , πλην των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου που συνιστούν επαγγελματικές ή επιστημονικές ενώσεις, βασίζεται σε εκθέσεις αξιολόγησης των οργανικών μονάδων τους που συνοδεύονται από περιγράμματα αποστολής και θέσεων, καθώς και από σχέδια στελέχωσης, τα οποία έχουν εγκριθεί από το Κυβερνητικό Συμβούλιο Μεταρρύθμισης.

2. Με τους Οργανισμούς των φορέων της παραγράφου 1 καθορίζονται:
α) Η αποστολή του φορέα, όπως προκύπτει από τις κείμενες διατάξεις που διέπουν τη σύσταση και τις αρμοδιότητές του, καθώς και η διάρθρωση των υπηρεσιών του σε οργανικές μονάδες (γενικές διευθύνσεις, διευθύνσεις, υποδιευθύνσεις, τμήματα, αυτοτελή και μη, αυτοτελή γραφεία).
β) Η ονομασία και η έδρα των παραπάνω οργανικών μονάδων, καθώς και οι στρατηγικοί σκοποί των Γενικών Διευθύνσεων, οι επιχειρησιακού στόχοι των Διευθύνσεων και Υποδιευθύνσεων και οι αρμοδιότητες των Τμημάτων και λοιπών οργανικών μονάδων.
γ) Οι κλάδοι προσωπικού κατά κατηγορίες, ο αριθμός και η κατανομή των θέσεων προσωπικού σε κλάδους και ειδικότητες, καθώς και τα τυπικά προσόντα διορισμού ή πρόσληψης κατά κλάδο και ειδικότητα.
δ) Η γενική περιγραφή καθηκόντων κάθε θέσης ευθύνης, οι κλάδοι, από τους οποίους θα προέρχονται οι Προϊστάμενοι των οργανικών μονάδων, καθώς και τυχόν πρόσθετα ειδικά προσόντα που απαιτούνται για την πλήρωση κάθε θέσης ευθύνης.

3. Με τους Οργανισμούς της προηγούμενης παραγράφου μπορεί επίσης να προβλέπεται:
α) Η κατάργηση ή συγχώνευση υπηρεσιών ή οργανικών μονάδων των φορέων της παραγράφου 1, καθώς και η μεταφορά των αρμοδιοτήτων τους σε άλλες υπηρεσίες ή οργανικές μονάδες του φορέα ή εποπτευόμενων φορέων του ή η κατάργησή τους.
β) Η σύσταση νέων θέσεων προσωπικού, καθώς και η κατάργηση, κατά κατηγορία και κλάδο, υφιστάμενων θέσεων που πλεονάζουν.
γ) Η σύσταση νέων κλάδων κατά κατηγορίες, καθώς και η συγχώνευση ή κατάργηση υφισταμένων με δυνατότητα κατάργησης αντίστοιχων οργανικών θέσεων.
δ) Η μεταφορά θέσεων προσωπικού σε άλλους κλάδους, υφιστάμενους ή νέους, της ίδιας ή άλλης κατηγορίας, καθώς και η ρύθμιση θεμάτων ένταξης υπηρετούντων υπαλλήλων σε νέους κλάδους της ίδιας κατηγορίας, που προκύπτουν με σύσταση ή συγχώνευση υφισταμένων.
ε) Η σύσταση οργανικών μονάδων χωρίς εσωτερική διάρθρωση, σύμφωνα με τη διάταξη του άρθρου 20 της παρ. 2 του ν. 2503/1997, η οποία διατηρείται σε ισχύ.
στ) Κάθε άλλη λεπτομέρεια που αφορά την οργάνωση και λειτουργία της οικείας υπηρεσίας.

4. Η κατανομή των θέσεων προσωπικού ανά κατηγορία, κλάδο και ειδικότητα σε οργανικές μονάδες διενεργείται με απόφαση του οικείου οργάνου διοίκησης, μετά από εισήγηση των προϊσταμένων Γενικής Διεύθυνσης ή Διεύθυνσης, με βάση την αποστολή κάθε οργανικής μονάδας και τις ανάγκες της υπηρεσίας. Η τοποθέτηση των υπαλλήλων διενεργείται με απόφαση του προϊσταμένου Γενικής Διεύθυνσης και, όπου δεν υπάρχει, της Διεύθυνσης των υπηρεσιών προσωπικού.

5. Οι κενές θέσεις προσωπικού μπορεί να ανακατανέμονται σε κατηγορίες και κλάδους με κοινή απόφαση του Υπουργού Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και του οικείου Υπουργού, στο πλαίσιο της αποτελεσματικής λειτουργίας της υπηρεσίας.

6α. Με την επιφύλαξη ειδικότερων ρυθμίσεων του παρόντος καταργείται το άρθρο 20 του ν. 2503/1997, καθώς και άλλη διάταξη που προβλέπει, περί της οργάνωσης και λειτουργίας των φορέων της παραγράφου 1, την έκδοση υπουργικής ή κοινής υπουργικής απόφασης με την οποία καθορίζεται ο Οργανισμός των φορέων αυτών, διατηρουμένων, όμως, σε ισχύ των τυχόν ειδικών διαδικαστικών προϋποθέσεων που οι διατάξεις αυτές επιπροσθέτως ορίζουν και οι οποίες ισχύουν παράλληλα. Κατά τον ίδιο τρόπο, προηγούμενες της έναρξης της ισχύος του παρόντος άρθρου διατάξεις που προέβλεπαν την έκδοση προεδρικού διατάγματος, διέπονται πλέον από το θεσμικό πλαίσιο που θέτει το παρόν άρθρο, διατηρουμένων, όμως, σε ισχύ των τυχόν ειδικών διαδικαστικών προϋποθέσεων που οι διατάξεις αυτές επιπροσθέτως ορίζουν και οι οποίες ισχύουν παράλληλα.
β. Για τα Υπουργεία Εθνικής Άμυνας, Εξωτερικών, Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη και Ναυτιλίας και Αιγαίου ισχύουν παράλληλα με τις διατάξεις του παρόντος άρθρου και οι ειδικές για αυτά διατάξεις. Επίσης, διατηρούνται παραλλήλως σε ισχύ ειδικές διατάξεις για τα πανεπιστημιακού και τεχνολογικού τομέα ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα.
γ. Μεταβατικά και έως τις 30.6.2015 εξαιρούνται της εφαρμογής του παρόντος άρθρου τα νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου του Τομέα Υγείας του Υπουργείου Υγείας, η οργάνωση των οποίων εξακολουθεί να διέπεται από τις κείμενες για αυτά ειδικές διατάξεις. Μετά δε την παρέλευση της ως άνω μεταβατικής περιόδου τα εν λόγω νομικά πρόσωπα εμπίπτουν στο πεδίο εφαρμογής του παρόντος άρθρου με την οργάνωση και λειτουργία τους να καθορίζεται με τα προεδρικά διατάγματα της παραγράφου 1, διατηρουμένων, όμως, σε ισχύ τυχόν ειδικών διαδικαστικών προϋποθέσεων που οι κείμενες διατάξεις επιπροσθέτως ορίζουν και οι οποίες ισχύουν παράλληλα.
δ. Η Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων του Υπουργείου Οικονομικών εξαιρείται από την εφαρμογή των διατάξεων του παρόντος άρθρου, πλην της πρώτης εφαρμογής που αφορά την έκδοση του προεδρικού διατάγματος για τον Οργανισμό του Υπουργείου Οικονομικών. Οι διατάξεις της υποπαραγράφου β.1.4. της παρ. β' του άρθρου πρώτου του ν. 4152/2013, καθώς και οι λοιπές κείμενες ειδικές διατάξεις που αφορούν στη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων εξακολουθούν να ισχύουν και μετά την έκδοση για πρώτη φορά του προεδρικού διατάγματος για τον Οργανισμό του Υπουργείου Οικονομικών.
ε. Οι διατάξεις του πρώτου εδαφίου της υποπαραγράφου γ' της παρ. 5 του άρθρου 55 του ν. 4002/2011 ισχύουν μέχρι την έκδοση του προεδρικού διατάγματος για τον Οργανισμό του Υπουργείου Οικονομικών.
στ. Έως την έκδοση των προεδρικών διαταγμάτων της παραγράφου 1 για τους Οργανισμούς των Υπουργείων, οι διατάξεις της παρ. 7 του άρθρου 3Β του ν. 2362/1995 (Α' 247), όπως τροποποιήθηκε και ισχύει, εξακολουθούν να ισχύουν.

7. Μετά το εδάφιο 13 της περίπτωσης 4 της υποπαραγράφου Ζ.1 της παρ. Ζ΄ του άρθρου πρώτου του ν. 4093/2012, όπως έχει αντικατασταθεί με την παρ. 2 του άρθρου 91 του ν. 4172/2013 (Α΄ 167) προστίθεται εδάφιο ως εξής:
«Με κοινή απόφαση του Υπουργού Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και του κατά περίπτωση αρμόδιου Υπουργού μπορεί να ορίζονται πρόσθετα ειδικά κριτήρια ή να διαφοροποιείται η μοριοδότηση των γενικών κριτηρίων ανάλογα με το είδος της δραστηριότητας του οικείου φορέα.»