Η εποπτεία επί των ΑΣ ασκείται από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων δια της Διεύθυνσης Οικονομικών Ελέγχων και Επιθεώρησης, στο εξής αρμόδια αρχή. Η εποπτεία αφορά τη σύννομη λειτουργία και την υποβοήθηση του έργου των ΑΣ, τη διαπίστωση της νομιμότητας των πράξεων και την ορθή εφαρμογή των διατάξεων του νόμου, του καταστατικού και των αποφάσεων των οργάνων διοίκησης, και περιλαμβάνει, ιδίως, την τήρηση των διατάξεων των νόμων, του καταστατικού και των αποφάσεων των γενικών συνελεύσεων, την τήρηση του μητρώου του άρθρου 19 και την αξιολόγησή τους μέσω αυτού, την εξακρίβωση της αλήθειας των χρηματοοικονομικών καταστάσεων και γενικά των βιβλίων και στοιχείων που τηρούνται από τους ΑΣ, καθώς και την εξακρίβωση της καταβολής της αξίας των συνεταιρικών μερίδων ή άλλων ληξιπρόθεσμων οικονομικών υποχρεώσεων των μελών τους.