1. Στην Αρχή συνιστάται θέση Διοικητή, ο οποίος τελεί σε καθεστώς πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης.
Η θητεία του Διοικητή ορίζεται πενταετής και μπορεί να ανανεωθεί μόνο μία φορά με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών, κατόπιν σύμφωνης γνώμης του Συμβουλίου Διοίκησης, με πλειοψηφία των 2/3 του συνόλου των μελών του.

2. Ο Διοικητής είναι πρόσωπο εγνωσμένου κύρους, υψηλής επιστημονικής συγκρότησης και επαγγελματικής εμπειρίας σε τομείς που έχουν σχέση με τις αρμοδιότητες της Αρχής και ειδικά στους τομείς του φορολογικού ή τελωνειακού δικαίου ή των δημόσιων οικονομικών. Οι υποψήφιοι πρέπει να διαθέτουν:
α) Πτυχίο Α. Ε. Ι. ή ισότιμο τίτλο σπουδών σχολών της αλλοδαπής. Ιδιαίτερο προσόν κατά την επιλογή θεωρούνται οι μεταπτυχιακοί ή διδακτορικοί τίτλοι ελληνικού Α.Ε.Ι. ή αναγνωρισμένου ισότιμου της αλλοδαπής, που αποδεικνύουν την επιστημονική εξειδίκευση σε συναφή προς τους σκοπούς της Αρχής γνωστικά αντικείμενα.
β) Σημαντική επαγγελματική εμπειρία τουλάχιστον δέκα (10) ετών, σε συναφή προς τις αρμοδιότητες της Αρχής αντικείμενα.
γ) Σημαντική διοικητική εμπειρία, σε θέσεις ευθύνης, σε διοίκηση ανθρώπινου δυναμικού, κατάρτιση στρατηγικών σχεδίων, διαχείριση έργων και δραστηριοτήτων, στοχοθεσία, συντονισμό ομάδων και παρακολούθηση επίτευξης στόχων.
δ) Άριστη γνώση τουλάχιστον μιας ξένης γλώσσας, ιδίως της αγγλικής.
ε) Ισχυρό ιστορικό φορολογικής συμμόρφωσης.
Οι υποψήφιοι πρέπει να έχουν τα προσόντα διορισμού τόσο κατά το χρόνο λήξης της προθεσμίας υποβολής αιτήσεων όσο και κατά το χρόνο του διορισμού.

3. Οι υποψήφιοι πρέπει επίσης να μην έχουν κώλυμα διορισμού κατά τις διατάξεις των άρθρων 5 και 8 του ν. 3528/2007, ούτε κατά το χρόνο λήξης της προθεσμίας υποβολής των αιτήσεων, ούτε κατά το χρόνο του διορισμού, επιπλέον:
α) Να μην έχουν απολυθεί από θέση δημόσιας υπηρεσίας ή Ο.Τ.Α. ή άλλου νομικού προσώπου του δημόσιου τομέα, λόγω επιβολής της πειθαρχικής ποινής της οριστικής παύσης ή λόγω καταγγελίας της σύμβασης εργασίας για σπουδαίο λόγο, οφειλόμενο σε υπαιτιότητά τους.
β) Να μην έχουν αποκλεισθεί από αρμόδια αρχή από την άσκηση ενός επαγγέλματος ή να μην τους έχει απαγορευθεί η ανάληψη θέσης Προϊσταμένου ή στελέχους οποιασδήποτε δημόσιας αρχής, λόγω σοβαρού πειθαρχικού παραπτώματος.

4. Ο Διοικητής δεν μπορεί να είναι σύζυγος ή συγγενής εξ αίματος ή εξ αγχιστείας μέχρι δεύτερου βαθμού ή κατιών σε ευθεία γραμμή του Προέδρου ή άλλου μέλους του Συμβουλίου.

5. Δεν μπορεί να διοριστεί Διοικητής πρόσωπο, το οποίο είναι ή έχει διατελέσει μέλος του Ελληνικού ή του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, της Κυβέρνησης ή των εκτελεστικών οργάνων πολιτικού κόμματος, κατά την τρέχουσα ή την προηγούμενη κοινοβουλευτική περίοδο, ή έχει ανακηρυχθεί υποψήφιος βουλευτής, κατά τις ίδιες ως άνω περιόδους.

6 α) Κατά τη διάρκεια της θητείας του Διοικητή αναστέλλεται η άσκηση έμμισθου ή άμισθου δημόσιου λειτουργήματος, η άσκηση καθηκόντων σε οποιαδήποτε θέση του Δημοσίου, των οργανισμών τοπικής αυτοδιοίκησης πρώτου και δεύτερου βαθμού και των επιχειρήσεών τους, των Ν.Π.Δ.Δ. και των κρατικών Ν.Π.Ι.Δ. ή δημοσίων επιχειρήσεων ή επιχειρήσεων, τη διοίκηση των οποίων ορίζει άμεσα ή έμμεσα το Δημόσιο με διοικητική πράξη ή ως μέτοχος, καθώς και οποιαδήποτε άλλη επαγγελματική δραστηριότητα. Ο Διοικητής οφείλει, πριν από την ανάληψη των καθηκόντων του, να παύσει οποιαδήποτε έννομη σχέση με επιχείρηση/εταιρεία/νομική οντότητα, από την οποία μπορεί να προκληθεί σύγκρουση συμφερόντων.
β) Σε περίπτωση που ο Διοικητής είναι μόνιμος δημόσιος υπάλληλος ή όργανο ή λειτουργός φορέων του Δημοσίου, με τη λήξη της θητείας του επανέρχεται στην οργανική θέση που κατείχε πριν από το διορισμό του.

7. Ο Διοικητής με την ανάληψη των καθηκόντων του, υπογράφει συμβόλαιο απόδοσης με τον Υπουργό Οικονομικών, το οποίο καθορίζει τις υποχρεώσεις του, τη σχέση εργασίας του, την αμοιβή για τις υπηρεσίες του, και τους ποιοτικούς και ποσοτικούς στόχους, οι οποίοι πρέπει να επιτευχθούν κατά τη διάρκεια της θητείας του, όπως επίσης και σε ετήσια βάση. Στο συμβόλαιο μπορεί να προβλέπεται ετήσια ειδική ανταμοιβή (bonus) του Διοικητή σε περίπτωση υπέρβασης ή επίτευξης, κατά περίπτωση, των ετήσιων στόχων που τίθενται στο συμβόλαιο απόδοσής του ή επίτευξης των βασικών δεικτών απόδοσης της φορολογικής διοίκησης που προβλέπονται σε αυτό.

8. Κατά παρέκκλιση κάθε ισχύουσας διάταξης, οι κάθε είδους αποδοχές του Διοικητή, τακτικές ή πρόσθετες, για όλο το διάστημα της θητείας του, καθορίζονται κατόπιν πρότασης του Συμβουλίου Διοίκησης, με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών και δεν μπορούν να υπερβαίνουν το σύνολο των αποδοχών του Προέδρου του Αρείου Πάγου, ούτε να υπολείπονται του συνόλου των αποδοχών Γενικού Γραμματέα Υπουργείου.

9. Ο χρόνος της θητείας του Διοικητή, λογίζεται ως χρόνος πραγματικής υπηρεσίας για κάθε έννομη συνέπεια.