1. Όταν συντρέχουν αναμφισβήτητα πραγματικά περιστατικά που συνιστούν λόγο παύσης του Διοικητή πριν από τη λήξη της θητείας του, το Συμβούλιο Διοίκησης κινεί τη διαδικασία, προτείνοντας αιτιολογημένα την πρόωρη παύση του στον Υπουργό Οικονομικών. Ο Υπουργός Οικονομικών, μετά την πρόταση του Συμβουλίου Διοίκησης, εισηγείται αιτιολογημένα την πρόωρη παύση στο Υπουργικό Συμβούλιο. Το Υπουργικό Συμβούλιο εκδίδει πράξη, η οποία περιλαμβάνει την αιτιολογημένη εισήγηση του Υπουργού Οικονομικών και η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Ο Υπουργός Οικονομικών δύναται οποτεδήποτε να ζητήσει τη γνώμη του Συμβουλίου Διοίκησης για το εάν συντρέχουν πραγματικά περιστατικά που συνιστούν λόγο πρόωρης παύσης του Διοικητή. Ο Διοικητής παύεται πρόωρα για τους εξής λόγους:
α) Για αδυναμία εκτέλεσης των καθηκόντων του λόγω κωλύματος, νόσου ή αναπηρίας σωματικής ή πνευματικής που διαρκεί για περισσότερους από τρεις συνεχόμενους μήνες ή αν δεν έχει εκπληρώσει τα καθήκοντά του για τρεις συνεχόμενους μήνες για οποιονδήποτε άλλο λόγο, χωρίς την άδεια του Συμβουλίου Διοίκησης.
β) Για σπουδαίο λόγο που αφορά την εκτέλεση των καθηκόντων του, όπως ιδίως η αποκάλυψη εμπιστευτικών θεμάτων για τα οποία έλαβε γνώση κατά την άσκηση των καθηκόντων του ή κατάχρηση της θέσης του για ίδιο, προσωπικό ή εμπορικό όφελος.
γ) Αν παραπεμφθεί αμετάκλητα στο ακροατήριο για αδίκημα που συνεπάγεται κώλυμα διορισμού σε θέση δημοσίου υπαλλήλου ή έκπτωση δημοσίου υπαλλήλου, σύμφωνα με τα άρθρα 8 και 149 του ν. 3528/2007.
δ) Εφόσον συντρέχουν οι προϋποθέσεις θέσης του σε αυτοδίκαιη αργία, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 103 παρ. 1 του ν. 3528/2007.
ε) Αν δεν προβεί στις απαιτούμενες γνωστοποιήσεις, περί σύγκρουσης συμφερόντων κατά τα οριζόμενα στο άρθρο 35 του παρόντος νόμου.
στ) Αν έχει αποκλεισθεί ή παυθεί από αρμόδια αρχή από την άσκηση ενός επαγγέλματος ή του έχει απαγορευθεί η ανάληψη θέσης Προϊσταμένου ή στελέχους οποιουδήποτε δημόσιου νομικού προσώπου, λόγω σοβαρού πειθαρχικού παραπτώματος.
ζ) Αν είναι σύζυγος ή συγγενής εξ αίματος ή εξ αγχιστείας μέχρι δευτέρου βαθμού ή κατιών σε ευθεία γραμμή του Προέδρου ή άλλου μέλους του Συμβουλίου Διοίκησης.
η) Αν εκλεγεί μέλος της Βουλής των Ελλήνων, του Ευρωκοινοβουλίου, της Κυβέρνησης ή των εκτελεστικών οργάνων πολιτικού κόμματος ή αν ανακηρυχθεί υποψήφιος Βουλευτής.
θ) Σε περίπτωση προφανούς απόκλισης από την επίτευξη των τεθέντων στο συμβόλαιο απόδοσής του ποιοτικών και ποσοτικών στόχων, μετά από τη συμπλήρωση δύο ετών από την τοποθέτησή του.

2. Ο Διοικητής που έχει παυθεί από το αξίωμά του, δύναται να προσβάλει με προσφυγή ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας την απόφαση περί παύσεώς του.

3. Ο Διοικητής όταν προτίθεται να παραιτηθεί από το αξίωμά του, ενημερώνει σχετικά τον Υπουργό Οικονομικών και το Συμβούλιο Διοίκησης, τουλάχιστον τρεις μήνες πριν από την παραίτησή του. Η παραίτηση γίνεται αποδεκτή με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών, που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.

4. Σε περίπτωση κένωσης της θέσης του Διοικητή, λόγω θανάτου, παραίτησης ή παύσης, διορίζεται νέος Διοικητής, σύμφωνα με τη διαδικασία του άρθρου 15 του παρόντος νόμου, εντός δύο μηνών από την κένωση της θέσης.

5. Σε περίπτωση καθυστέρησης επιλογής του Διοικητή μετά από τη λήξη της θητείας του ή σε περίπτωση πρόωρης λήξης της θητείας αυτού ή σε περίπτωση προσωρινής αδυναμίας εκτέλεσης των καθηκόντων του, με απόφαση του Συμβουλίου Διοίκησης ορίζεται ένας από τους προϊσταμένους Γενικής Διεύθυνσης της Αρχής ως αναπληρωτής για το χρονικό διάστημα από τη λήξη της θητείας του μέχρι το διορισμό του διαδόχου του ή για όσο διάστημα ο Διοικητής τελεί σε προσωρινή αδυναμία εκτέλεσης των καθηκόντων του. Σε περίπτωση που ο ορισθείς ως αναπληρωτής αδυνατεί να εκτελέσει τα καθήκοντά του ή για οποιονδήποτε λόγο παύσει να εκτελεί αυτά, με όμοια απόφαση ορίζεται ως αναπληρωτής ένας από τους προϊσταμένους Γενικής Διεύθυνσης της Αρχής, μέχρι το διορισμό του νέου Διοικητή της Αρχής ή την ανάληψη των καθηκόντων του υφισταμένου. Τα ενδιάμεσα αυτά διαστήματα δεν επιτρέπεται κατά κανόνα να υπερβαίνουν τους δύο μήνες.

6. Ο Διοικητής, σε περίπτωση βραχυχρόνιας απουσίας ή κωλύματός του για χρονικό διάστημα που δεν υπερβαίνει τον ένα (1) μήνα, ορίζει με απόφασή του, ως αναπληρωτή αυτού στην άσκηση των καθηκόντων του, έναν εκ των Προϊσταμένων των Γενικών Διευθύνσεων της Αρχής.