Η Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας έχει την ακόλουθη δομή:

Α) Διοικητής της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας Υπηρεσίες απευθείας υπαγόμενες στον Διοικητή είναι οι κάτωθι: α. Γραφείο Διοικητικής Υποστήριξης β. Γραφείο Συντονισμού Σώματος Εποπτών γ. Γραφείο Ποιοτικού Ελέγχου και Συμμόρφωσης δ. Γραφείο Δημοσίων Σχέσεων και Τύπου ε. Γραφείο Συμβούλων Διοικητή στ. Διεύθυνση Νομικών Υποθέσεων και Εσωτερικού Ελέγχου, απευθείας υπαγόμενη στον Διοικητή.

Β) Εκτελεστικό Συμβούλιο της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας

Γ) Γενική Διεύθυνση Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, η οποία αποτελείται από τις εξής Διευθύνσεις: α. Διεύθυνση Διοικητικού β. Διεύθυνση Οικονομικής Λειτουργίας. γ. Διεύθυνση Πολιτικής Σχεδιασμού Εκτάκτου Ανάγκης ΠΣΕΑ
δ. Εθνική Εποπτική Αρχή Αεροναυτιλίας ε. Διεύθυνση Κανονισμών Αεροναυτιλίας
στ. Διεύθυνση Κανονισμών και Εποπτείας Αεροδρομίων ζ. Εποπτική Αρχή Τελών Αερολιμένων η. Διεύθυνση Κανονισμών και Εποπτείας Πτητικών Προτύπων
θ. Διεύθυνση Κανονισμών και Εποπτείας Αεροπορικής Εκμετάλλευσης ι. Διεύθυνση Κανονισμών και Εποπτείας Ασφαλείας από Έκνομες Ενέργειες ια. Διεύθυνση Κανονισμών και Εποπτείας Προστασίας Περιβάλλοντος ιβ. Διεύθυνση Κανονισμών και Εποπτείας Υποδομών ιγ. Διεύθυνση Αεροπορικών Αρχών Περιφερειακών Αεροδρομίων και Αεροπορικής Αρχής Διεθνούς Αερολιμένα Αθηνών ιδ. Σχολή Πολιτικής Αεροπορίας.