Η Διεύθυνση Αεροπορικών Αρχών Περιφερειακών Αεροδρομίων και Αεροπορικής Αρχής Διεθνούς Αερολιμένα Αθηνών αποτελείται από οργανικές μονάδες επιπέδου Τμήματος και Αυτοτελούς Γραφείου απευθείας υπαγόμενες στη Διεύθυνση. Οι οργανικές μονάδες που συγκροτούν τη Διεύθυνση είναι οι κάτωθι:

Α) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Διεθνούς Αερολιμένα Αθηνών και Συντονισμού Περιφειακών Αερολιμένων
Β) Υποδιεύθυνση Αεροπορικής Αρχής Θεσσαλονίκης
Γ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Ρόδου
Δ) Υποδιεύθυνση Αεροπορικής Αρχής Ηρακλείου
Ε) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Κω
ΣΤ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Κέρκυρας
Ζ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Χανίων
Η) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Μυκόνου
Θ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Σαντορίνης
Ι) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Μυτιλήνης
ΙΑ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Σάμου
IB) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Ζακύνθου
ΙΓ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Κεφαλονιάς
ΙΔ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Αλεξανδρούπολης
ΙΕ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Χίου
ΙΣΤ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Σκιάθου
ΙΖ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Καβάλας
ΙΗ) Τμήμα Αεροπορικής Αρχής Ακτίου
ΙΘ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Καλύμνου
Κ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Κοζάνης
ΚΑ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Ικαρίας
KB) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Ιωαννίνων
ΚΓ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Μήλου
ΚΔ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Νάξου
ΚΕ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Πάρου
ΚΣΤ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Καστοριάς
ΚΖ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Σκύρου
ΚΗ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Αστυπάλαιας
ΚΘ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Λήμνου
Λ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Αράξου
ΛΑ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Σύρου
ΛΒ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Καρπάθου
ΛΓ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Κυθήρων
ΛΔ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Νέας Αγχιάλου
ΛΕ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Κάσου
ΛΣΤ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Καστελόριζου
ΛΖ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Λέρου
ΛΗ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Σητείας
ΛΘ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Μεγάρων Πάχης
Μ) Γραφείο Αεροπορικής Αρχής Καλαμάτας.

Οι αρμοδιότητες των υπό στοιχείων (Α) έως και (Μ) Οργανικών Μονάδων, είναι οι εξής:
1.Ο έλεγχος εφαρμογής της κείμενης νομοθεσίας περί προστασίας πολιτικής αεροπορίας και ειδικότερα του εθνικού προγράμματος ασφαλείας πολιτικής αεροπορίας (Ε.Π.Α.Π.Α.), από όλους τους εμπλεκόμενους φορείς έναντι εκνόμων ενεργειών. Οι επιτόπιες επιθεωρήσεις ασφαλείας των πάσης φύσεως δραστηριοποιούμενων στον Αερολιμένα φορέων, στα πλαίσια υλοποίησης του Ε.Π.Α.Π.Α. και αντίστοιχα του Εθνικού Προγράμματος Ποιοτικού Ελέγχου Ασφάλειας Πολιτικής Αεροπορίας (Ε.Π.Π.Ε.Α.Π.Α.), με κατάλληλα εκπαιδευμένους ή και πιστοποιημένους επόπτες ασφαλείας της αεροπορικής αρχής. Η εκπροσώπηση της Υπηρεσίας στις επισκέψεις αντίστοιχων εποπτών της αλλοδαπής, για αξιολογήσεις ασφαλείας του αερολιμένα και των εμπλεκομένων φορέων και συμμετοχή στις σχετικές συσκέψεις ασφαλείας. Η επιτόπια διερεύνηση συμβάντων ασφαλείας στον αερολιμένα, καταγραφή των ευρημάτων των επιθεωρήσεων, υποβολή εισηγήσεων για τη συμπλήρωση/ αναβάθμιση των εφαρμοζόμενων, από τους φορείς, μέτρων ασφαλείας και η παρακολούθηση της πορείας αποκατάστασης των ευρημάτων. Η αξιολόγηση των προγραμμάτων ασφαλείας των προμηθευτών προμηθειών πτήσης και εισήγηση για την έγκριση τους, καθώς και η έγκριση αιτημάτων παροχής υπηρεσιών εξυπηρέτησης επιβατών και ασφαλείας αποσκευών επιβατών, εκτός αερολιμένα. Η έκδοση και έγκριση οδηγιών και συντονιστικών διαδικασιών, επί της υφιστάμενης νομοθεσίας ασφαλείας και επί της άμεσης εφαρμογής τυχόν εκτάκτων μέτρων ασφαλείας. Η συνδρομή για τη σύνταξη εγχειριδίων Αερολιμένα. Η συνεργασία με όλες τις κρατικές αρχές και τους φορείς που δραστηριοποιούνται στον Αερολιμένα, για την αντιμετώπιση θεμάτων και συμβάντων ασφαλείας, η ενημέρωση αυτών σχετικά με επικαιροποιήσεις της ισχύουσας νομοθεσίας, η συμμετοχή στην Επιτροπή Ασφαλείας από έκνομες ενέργειες του Αερολιμένα, στις ομάδες αξιολόγησης απειλών και στις σχετικές ασκήσεις ετοιμότητας στον Αερολιμένα. Η συμμετοχή σε επιθεωρήσεις και δοκιμές συστήματος ασφαλείας αερολιμένων σε συνεργασία με τις αρμόδιες Αρχές. Η εφαρμογή ειδικών κρατικών επιχειρησιακών σχεδίων, για την αντιμετώπιση καταστάσεων ανάγκης, λόγω εκνόμων ενεργειών (απειλές σε αεροσκάφη, εγκαταστάσεις αερολιμένα και αεροπειρατεία). Ο χειρισμός θεμάτων πολιτικής σχεδίασης έκτακτης ανάγκης (ΠΣΕΑ) και λοιπών επιχειρησιακών σχεδίων. Ο έλεγχος τήρησης προϋποθέσεων έκδοσης αδειών εισόδου στον Αερολιμένα, σύμφωνα με το Ε.Π.Α.Π.Α. και ο χειρισμός θεμάτων ποινικών μητρώων. Η εισήγηση προς τον προϊστάμενο της Αεροπορικής Αρχής για την επιβολή κυρώσεων σε περίπτωση παραβάσεων ασφαλείας, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία. Ο προγραμματισμός και η εκπαίδευση υπαλλήλων εμπλεκόμενων σε θέματα ασφάλειας από έκνομες ενέργειες και η παροχή εκπαιδεύσεων ευαισθητοποίησης προσωπικού δραστηριοποιούμενων φορέων στον αερολιμένα.
2.Ο έλεγχος αεροναυτιλιακών και λοιπών εγγράφων αεροσκαφών, πτυχίων και αδειών ιπταμένου προσωπικού και μηχανικών αεροσκαφών και η συμμετοχή σε επιθεωρήσεις ασφαλείας αεροσκαφών (SAFASACASANA). Ο έλεγχος τήρησης της ισχύουσας νομοθεσίας και των συναφών κανονισμών, κατά τη μεταφορά επικινδύνων υλικών, από αεροσκάφη δημοσίων μεταφορών. Η εποπτεία εύρυθμης λειτουργίας του Αερολιμένα και τήρησης των συμβατικών υποχρεώσεων του. Η εφαρμογή διαδικασίας κράτησης/απαγόρευσης απογείωσης αεροσκάφους, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία και τους εν ισχύ κανονισμούς. Ο έλεγχος τήρησης των διατάξεων διεθνών συμβάσεων, των κανονισμών και των όρων αεροπορικής εκμετάλλευσης, για τη μεταφορά αεροπορικής κίνησης, των ναύλων και των συμφωνιών δικαιόχρησης των αεροπορικών εταιρειών. Ο έλεγχος για την τήρηση των όρων των αδειών αεροπορικής εκμετάλλευσης αεροπορικών εταιρειών, των ασφαλιστηρίων συμβολαίων και των συμφωνιών μίσθωσης αεροσκαφών. Ο έλεγχος εφαρμογής κανονισμών περί αναθέσεων δημόσιας υπηρεσίας, διορισμού αερομεταφορέα, βάσει διμερών αεροπορικών συμφωνιών, αδειών αερομεταφορέων, ναυλωμένων πτήσεων, δικαιωμάτων των επιβατών, των ατόμων με αναπηρία και των ανεπιθύμητων και υπό απέλαση επιβατών. Η πρόληψη του αθέμιτου ανταγωνισμού και της αισχροκέρδειας στον τομέα των αεροπορικών υπηρεσιών. Ο συντονισμός κρατικών και μη υπηρεσιών που δραστηριοποιούνται στον Αερολιμένα, για τη διακίνηση επίσημων προσώπων, η εφαρμογή των απαιτούμενων διαδικασιών ασφαλείας (safety) και ασφάλειας από έκνομες ενέργειες αεροσκαφών (security), με σκοπό την ασφαλή εξυπηρέτηση των διακινουμένων επισήμων προσώπων. Ο έλεγχος εφαρμογής υγειονομικών κανονισμών και διατάξεων και η ειδοποίηση των αρμόδιων κρατικών υπηρεσιών. Η γραμματειακή υποστήριξη της Αεροπορικής Αρχής.
3.Ο έλεγχος τήρησης των διαδικασιών ασφαλείας του αερολιμένα, σύμφωνα με το εγχειρίδιο λειτουργίας αεροδρομίου, το σχέδιο αντιμετώπισης καταστάσεων έκτακτης ανάγκης του Αερολιμένα και τα σχετικά σχέδια των αεροπορικών εταιριών, των φορέων επίγειας εξυπηρέτησης και των λοιπών δραστηριοποιούμενων στον Αερολιμένα. Η σύνταξη εισηγήσεων, με βάση τα αποτελέσματα των ελέγχων προς τη Διεύθυνση Εποπτείας. Η διενέργεια επιτόπιων επιθεωρήσεων, μέσω τακτικών και έκτακτων ελέγχων στην περιοχή κίνησης αεροσκαφών, για τη διαπίστωση της εφαρμογής των μέτρων ασφαλείας. Η συλλογή, ανάλυση, αξιολόγηση περιστατικών ασφαλείας, αποστολή αυτών στην αρμόδια Διεύθυνση και η διερεύνηση συμβάντων ή ατυχημάτων εντός της περιοχής κίνησης αεροσκαφών. Η χορήγηση έγκρισης, για την έκδοση αεροναυτικών αγγελιών (ΝΟΤΑΜ). Η διενέργεια προανάκρισης σε περίπτωση ατυχήματος ή συμβάντος εντός αερολιμένα και εντός κύκλου ακτίνας οκτώ (8) χιλιομέτρων, από το σημείο αναφοράς αεροδρομίου στην ξηρά, κατά τα ειδικότερα προβλεπόμενα στις διατάξεις του άρθρου 159 του ν. 1815/1988 και συνεργασία με άλλες δημόσιες αρχές, όπου απαιτείται. Η συμμετοχή στην Επιτροπή για την Ασφάλεια (Safety) του Αερολιμένα και στην Επιτροπή για την Ασφάλεια Διαδρόμου (Runway Safety Committee). Ο έλεγχος εφαρμογής περιβαλλοντικών κανονισμών. Η συμμετοχή σε ελέγχους επιθεωρήσεις αδειοδότησης και πιστοποίησης αεροδρομίων, ελικοδρομίων, πεδίων προσγειώσεων και υδατοδρομίων, σε συνεργασία με την Εθνική Εποπτική Αρχή Αεροναυτιλίας.
4.Η συγκέντρωση και ο έλεγχος στοιχείων χρέωσης τελών του Αερολιμένα. Είσπραξη δημοσίων εσόδων και προστίμων, η κατάθεση τους στον προβλεπόμενο λογαριασμό στην Τράπεζα της Ελλάδος, από ειδικό υπόλογο και η εισήγηση για λήψη μέτρων και επιβολή κυρώσεων, σύμφωνα με τις ειδικότερες διατάξεις νόμων και υπουργικών αποφάσεων. Η κατάρτιση μηνιαίας και ετήσιας έκθεσης αποτελεσμάτων είσπραξης επιτόπιων τελών και η διαχείριση χρηματικών διαθεσίμων. Η εφοδιαστική υποστήριξη σε υλικά, η διαχείριση υλικού και η τήρηση προβλεπομένων λογιστικών βιβλίων, καθώς και η εκτέλεση δαπανών. Ο χειρισμός θεμάτων προσωπικού.
5.Τα Τμήματα και οι αρμοδιότητες των Τμημάτων των υπό στοιχεία Β' και Δ' Υποδιευθύνσεων θα προσδιοριστούν με προεδρικό διάταγμα.