Υπεύθυνοι φορείς για την αποκλειστική διαχείριση των εσόδων από τα τέλη διαδρομής και τερματικής περιοχής είναι η Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας και η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, οι οποίοι θα τα διαθέτουν αποκλειστικά για τις ανάγκες λειτουργίας τους, του προσωπικού τους και τις επενδυτικές τους ανάγκες.
Η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας θα είναι ο υπεύθυνος φορέας για τη διαχείριση: α) του Ειδικού Λογαριασμού 234378/8, με τίτλο «Ε.Δ. Λογαριασμός τελών διαδρομής, που αποδίδονται από τον Eurocontrol» (GR 9401000230000000002343788) στον οποίο θα πιστώνεται το 80% των συνολικών εσόδων που αποδίδονται μηνιαίως από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό για την Ασφάλεια των Πτήσεων (EUROCONTROL) και β) του Ειδικού λογαριασμού 234379/6 με τίτλο «Ελληνικό Δημόσιο Προϊόν από τη μεταβίβαση μελλοντικών εσόδων του Ελληνικού Δημοσίου από τον Eurocontrol», (IBAN GR 72010002300 000000002343796). Από τους παραπάνω ειδικούς λογαριασμούς θα χρηματοδοτείται το σύνολο των αποζημιώσεων των άρθρων 34 και 34Α του ν. 2682/1999 του προσωπικού της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας.
Συστήνεται νέος ειδικός λογαριασμός για τις ανάγκες της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, τα έσοδα του οποίου προέρχονται από τα τέλη διαδρομής και τερματικής περιοχής και αποδίδονται από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό για την Ασφάλεια των Πτήσεων (EUROCONTROL). Η Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας θα είναι ο υπεύθυνος φορέας για τη διαχείριση του νέου ειδικού Λογαριασμού στον όποιο θα πιστώνεται το 20% των συνολικών εσόδων που αποδίδονται μηνιαίως από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό για την Ασφάλεια των Πτήσεων (EUROCONTROL), κινείται κατ' εφαρμογή του άρθρου 34 του ν. 2682/1999 «Διαρρυθμίσεις στη φορολογία των αυτοκινήτων οχημάτων και άλλες διατάξεις» (Α' 16), όπως έχει τροποποιηθεί, και θα χρηματοδοτεί το σύνολο των αποζημιώσεων των άρθρων 34 και 34Α του ν. 2682/1999 του προσωπικού της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας.
Κάθε σχετικό θέμα με τη διαχείριση, κατανομή και απόδοση των παραπάνω εσόδων και την κίνηση των ειδικών λογαριασμών των φορέων Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας και Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας θα ρυθμιστεί με προεδρικό διάταγμα κατόπιν πρότασης των Υπουργών Οικονομικών και Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων.
Μέχρι την έκδοση του ως άνω προεδρικού διατάγματος που ρυθμίζει τα ανωτέρω αλλά και κάθε άλλου σχετικού προεδρικού διατάγματος για τη λειτουργία των δύο φορέων, συνεχίζουν να εφαρμόζονται οι ισχύουσες διατάξεις των άρθρων 34 και 34Α του ν. 2682/1999 και του άρθρου 35 του ν. 2912/2001, όπως έχουν τροποποιηθεί και ισχύουν.
Η παρ. 6 του άρθρου 34 του ν. 2682/1999 και η παρ. 5 του άρθρου 34Α του ν. 2682/1999, όπως προστέθηκε με το άρθρο 73 του ν. 3431/2006 καταργούνται μετά τη σύσταση του ως άνω ειδικού λογαριασμού. Ο ειδικός αυτός λογαριασμός συστήνεται εντός τριών (3) μηνών από τη δημοσίευση του παρόντος. Τυχόν υπόλοιπα της ως άνω διαχείρισης διατίθενται αποκλειστικά για τις ανάγκες της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας και της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας.
Κατόπιν εισήγησης της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας και απόφασης του Υπουργού Οικονομικών δημιουργούνται διακριτοί λογαριασμοί εσόδων στην Τράπεζα της Ελλάδος για τις ανάγκες διαχείρισης των εσόδων της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας και της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας.