1. Το Επιστημονικό Συμβούλιο (ΕΣ) του Ιδρύματος αποτελείται από εννέα (9) τακτικά μέλη, επιστήμονες διεθνούς κύρους, οι οποίοι προέρχονται από τους εξής τομείς: α) γεωπονικών επιστημών, β) φυσικών επιστημών, γ) μαθηματικών και επιστήμης της πληροφορίας, δ) κοινωνικών επιστημών, ε) ανθρωπιστικών επιστημών, στ) περιβάλλοντος και ενέργειας, ζ) ιατρικής και επιστημών υγείας, η) επιστημών μηχανικού και τεχνολογίας και θ) καινοτόμου επιχειρηματικότητας.

2. Ως μέλη του ΕΣ εκλέγονται προσωπικότητες που έχουν διακριθεί για το διεθνές έργο και την εμπειρία τους στον αντίστοιχο ως άνω τομέα. Τα ειδικότερα προσόντα των μελών του ΕΣ καθορίζονται στον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας. Η ιδιότητα του μέλους του ΕΣ είναι ασυμβίβαστη με την ιδιότητα του μέλους του Υπουργικού Συμβουλίου, του Υφυπουργού, του Γενικού ή Ειδικού Γραμματέα Υπουργείου ή αυτοτελούς Γενικής Γραμματείας, του Βουλευτή, του Περιφερειάρχη, του Αντιπεριφερειάρχη, του Δημάρχου και του Αντιδημάρχου. Επίσης, η ιδιότητα του μέλους του ΕΣ είναι ασυμβίβαστη με αυτή του μέλους της Γ.Σ., του Διευθυντή και αναπληρωτή Διευθυντή του Ιδρύματος. Σε περίπτωση που μέλος του ΕΣ υποβάλει αίτηση για χρηματοδότηση από το Ίδρυμα, ή είναι μέλος επιστημονικής ομάδας που έχει υποβάλει αίτηση, το μέλος αυτό απέχει από όλες τις συνεδριάσεις στις οποίες συζητούνται θέματα σχετικά με την αντίστοιχη προκήρυξη.

3. Τα μέλη του ΕΣ του Ιδρύματος επιλέγονται ως εξής:
α. Η Γ.Σ. καταρτίζει και δημοσιεύει στο δικτυακό τόπο
του Ιδρύματος διεθνή πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος για την πλήρωση των ανωτέρω εννέα (9) θέσεων.
β. Οι υποψηφιότητες υποβάλλονται από τους ενδιαφερομένους ηλεκτρονικά. Η Γ.Σ. ορίζει εννεαμελή Εισηγητική Επιτροπή από τα μέλη της, στην οποία εκπροσωπούνται οι εννέα τομείς της παραγράφου 1. Σε περίπτωση που κάποιος τομέας δεν εκπροσωπείται στη Γ.Σ., η Γ.Σ.
ορίζει στην Εισηγητική Επιτροπή εξωτερικό μέλος με σημαντική διεθνή δραστηριότητα στον αντίστοιχο τομέα. Η επιτροπή αξιολογεί τις υποψηφιότητες και, εν συνεχεία, εισηγείται στη Γ.Σ. κατάλογο με τους υποψηφίους ανά τομέα, κατά σειρά αξιολόγησης.
γ. Η Γ.Σ. επιλέγει από τον κατάλογο των υποψηφίων τα μέλη του ΕΣ, ένα για κάθε τομέα, που προβλέπονται στην παράγραφο 1. Το ΕΣ συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.

4. Η διάρκεια της θητείας των μελών του ΕΣ είναι τετραετής (4ετής). Η σύνθεσή του ανανεώνεται κατά τρόπο που να διασφαλίζεται η συνέχεια της λειτουργίας του. Ειδικότερα, κατά την πρώτη συγκρότηση του ΕΣ τρία (3) από τα μέλη του διορίζονται για πλήρη θητεία, τρία (3) διορίζονται για τριετή (3ετή) θητεία και τρία (3) διορίζονται για διετή (2ετή) θητεία, με βάση το αποτέλεσμα κλήρωσης. Την κλήρωση διενεργεί η Γενική Συνέλευση, αφού επιλέξει τα μέλη του ΕΣ.

5. Τρεις (3) μήνες το αργότερο πριν από τη λήξη της θητείας κάθε μέλους, η Γ.Σ. καταρτίζει και δημοσιεύει πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος, για την επιλογή νέου μέλους σε αντικατάσταση του αποχωρούντος.

6. Το ΕΣ, μετά τη συγκρότησή του σε σώμα, εκλέγει Πρόεδρο και Αντιπρόεδρο. Ο Πρόεδρος του ΕΣ εκλέγεται από τα μέλη του για τετραετή θητεία, η οποία δεν μπορεί να ανανεωθεί. Υποψήφιοι για τη θέση του Προέδρου μπορεί να είναι μόνο μέλη του ΕΣ, των οποίων η θητεία λήγει τουλάχιστον τρία (3) έτη μετά την ημερομηνία της επιλογής τους. Ο Πρόεδρος συγκαλεί το ΕΣ σε τακτική ή έκτακτη συνεδρίαση, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη και διευθύνει τις εργασίες του. Τον Πρόεδρο απόντα ή κωλυόμενο αναπληρώνει ο Αντιπρόεδρος και σε περίπτωση κωλύματος ή απουσίας και αυτού, το αρχαιότερο μέλος του Συμβουλίου. Το ΕΣ βρίσκεται σε απαρτία όταν είναι παρόντα τουλάχιστον πέντε (5) μέλη του και αποφασίζει με πλειοψηφία των παρόντων. Σε περίπτωση ισοψηφίας υπερισχύει η ψήφος του Προέδρου.

7. Μέλος του ΕΣ του Ιδρύματος μπορεί κατά τη διάρκεια της θητείας του να παυθεί από τα καθήκοντά του με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης για δραστηριότητες ασυμβίβαστες ή για πράξεις απάδουσες προς την ιδιότητα του μέλους του ΕΣ του Ιδρύματος. Η Γ.Σ. επιλαμβάνεται ύστερα από αναφορά μέλους της. Εάν η Γ.Σ. παραλείπει, πέραν του εξαμήνου από την υποβολή της αναφοράς, να λάβει απόφαση, το μέλος του ΕΣ μπορεί να παυθεί με απόφαση του Υπουργού.

8. Εάν κάποιο μέλος του ΕΣ παραιτηθεί, ελλείψει ή με οποιονδήποτε άλλο τρόπο παύσει η θητεία του, αντικαθίσταται προσωρινά από μέλος το οποίο επιλέγεται από το ΕΣ, ύστερα από δημοσίευση σχετικής πρόσκλησης εκδήλωσης ενδιαφέροντος την οποία καταρτίζει και δημοσιεύει το ΕΣ. Στη συνεδρίαση της Γ.Σ. που πραγματοποιείται μετά την επιλογή του προσωρινού μέλους, η Γ.Σ. είτε επικυρώνει την εκλογή του μέλους αυτού για το υπόλοιπο της εν λόγω θητείας είτε την απορρίπτει. Στην τελευταία αυτή περίπτωση συγχρόνως εκδίδει και δημοσιεύει σχετική πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος για την επιλογή νέου μέλους.

9. Το Επιστημονικό Συμβούλιο διοικεί το Ίδρυμα και έχει ιδίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α. Μεριμνά για την επίτευξη των σκοπών του Ιδρύματος, με βάση την εθνική πολιτική για την έρευνα και την καινοτομία.
β. Αποδέχεται τις δωρεές και τις πάσης φύσεως χρηματοδοτήσεις.
γ. Συγκροτεί τις επιτροπές κρίσεων και τις επιτροπές ενστάσεων για την αξιολόγηση των προτάσεων και την επιλογή των τελικών δικαιούχων.
δ. Επιλέγει τον Διευθυντή και τους Αναπληρωτές Διευθυντές.
ε. Εγκρίνει τον προϋπολογισμό του Ιδρύματος, ύστερα από εισήγηση του Διευθυντή.
στ. Εισηγείται προς τη ΓΣ συνεργασίες και συμπράξεις του Ιδρύματος με φορείς του δημόσιου και ιδιωτικού τομέα, της ημεδαπής και της αλλοδαπής.
ζ. Εισηγείται προς τον Υπουργό την τροποποίηση του Εσωτερικού Κανονισμού Λειτουργίας.
η. Εγκρίνει τη λειτουργία υπηρεσιών και γραφείων του Ιδρύματος σε άλλες πόλεις της Ελληνικής Επικράτειας, ύστερα από εισήγηση του Διευθυντή.

10. Το ΕΣ είναι αρμόδιο για κάθε ζήτημα που αφορά τη διοίκηση του Ιδρύματος, το οποίο δεν ανατίθεται στη Γ.Σ. ή στον Διευθυντή.

11. Με απόφαση του ΕΣ συγκροτείται επταμελής Συμβουλευτική Επιτροπή, η οποία είναι ανεξάρτητη ως προς τα όργανα του Ιδρύματος και απαρτίζεται από πέντε (5) διακεκριμένους επιστήμονες και δύο (2) πρόσωπα που προέρχονται από επιχειρηματικούς ή/και παραγωγικούς φορείς της ημεδαπής ή της αλλοδαπής. Τρία (3) από τα επτά (7) μέλη της Συμβουλευτικής Επιτροπής είναι συγχρόνως και μέλη του Εθνικού Συμβουλίου Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΣΕΚ). Η Συμβουλευτική Επιτροπή έχει γνωμοδοτικό χαρακτήρα και έχει ως σκοπό την αξιολόγηση της δράσης του Ιδρύματος και τη διατύπωση γνωμοδοτήσεων και εισηγήσεων με σκοπό τη βελτιστοποίηση της λειτουργίας του. Με απόφαση του Επιστημονικού Συμβουλίου ή και της Συμβουλευτικής Επιτροπής είναι δυνατόν να προσκαλούνται στις συνεδριάσεις της τελευταίας διακεκριμένοι επιστήμονες της ημεδαπής ή της αλλοδαπής. Η Συμβουλευτική Επιτροπή εξετάζει θέματα ιδιαίτερης βαρύτητας ή θέματα που παρουσιάζουν ειδικότερο ενδιαφέρον σχετικά με τη λειτουργία του Ιδρύματος και τη χρηματοδότηση της έρευνας και της καινοτομίας. Η εξέταση των θεμάτων γίνεται είτε μετά από αίτηση του Επιστημονικού Συμβουλίου είτε με πρόταση μελών της Συμβουλευτικής Επιτροπής.

12. Τα μέλη του Επιστημονικού Συμβουλίου δικαιούνται αποζημίωσης για τη συμμετοχή τους στις συνεδριάσεις σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 3 του άρθρου 22 του ν. 4354/2015. Τα μέλη της Συμβουλευτικής Επιτροπής δικαιούνται αποζημίωσης για τη συμμετοχή τους στις συνεδριάσεις σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 21 του ν. 4354/2015. Για τις μετακινήσεις των μελών του Επιστημονικού Συμβουλίου και της Συμβουλευτικής Επιτροπής εφαρμόζονται οι διατάξεις της υποπαραγράφου Δ9 της παρ. Δ' του άρθρου 2 του ν. 4336/2015. Οι εν λόγω δαπάνες επιβαρύνουν τον προϋπολογισμό του Ιδρύματος.