Στην ΕΑΣ υπάγονται ως υπηρεσιακές μονάδες επιπέδου Διεύθυνσης Υπουργείου, οι παρακάτω Ειδικές Υπηρεσίες:
1. Η Ειδική Υπηρεσία Στρατηγικής, Σχεδιασμού και Αξιολόγησης (ΕΥΣΣΑ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Παρακολουθεί και συντονίζει θέματα που αφορούν σε ευρωπαϊκές και διεθνείς πολιτικές για την οικονομική, κοινωνική και χωρική συνοχή, καθώς και σε θέματα που άπτονται του πολυετούς Δημοσιονομικού πλαισίου της Ένωσης, της Ολοκληρωμένης Χωρικής Ανάπτυξης, των Ευρωπαϊκών Κανονισμών και της «Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας».
β) Παρακολουθεί και συντονίζει την τήρηση των δεσμεύσεων για θεματική συγκέντρωση, προσθετικότητα και την εκπλήρωση των εκ των προτέρων αιρεσιμοτήτων.
γ) Συντονίζει το σχεδιασμό και την αξιολόγηση του ΕΣΠΑ και των προγραμμάτων του.
δ) Συντονίζει και παρακολουθεί το πλαίσιο δημοσιότητας και πληροφόρησης του ΕΣΠΑ και των προγραμμάτων του.
ε) Διαχειρίζεται το ΕΠ «Τεχνική Βοήθεια» και συντονίζει τις δράσεις τεχνικής βοήθειας των ΕΠ του ΕΣΠΑ 2014-2020.

2. Η Ειδική Υπηρεσία Συντονισμού της Εφαρμογής (ΕΥΣΕ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Παρακολουθεί και συντονίζει την εφαρμογή των Τομεακών ΕΠ, εκδίδει οδηγίες και παρέχει κατευθύνσεις για την ομαλή χρηματοδότηση και αποτελεσματική υλοποίησή τους.
β) Παρακολουθεί και συντονίζει την εφαρμογή των Περιφερειακών ΕΠ, εκδίδει οδηγίες και παρέχει κατευθύνσεις για την ομαλή χρηματοδότηση και αποτελεσματική υλοποίησή τους.
γ) Αναπτύσσει εργαλεία και πρότυπα χρονικού προγραμματισμού ωρίμανσης και υλοποίησης πράξεων και παρακολουθεί την εφαρμογή τους, εφαρμόζει μεθοδολογία προβλέψεων απορρόφησης των ΕΠ, παρακολουθεί την τήρηση του κανόνα αυτόματης αποδέσμευσης (Ν+3), και την κατανομή των πόρων ανά κατηγορία περιφέρειας.
δ) Συντονίζει και παρακολουθεί έργα που συγχρηματοδοτούνται από το Ταμείο Συνοχής 2000-2006, καθώς και αυτά που υλοποιούνται στο πλαίσιο της πολιτικής για τα διευρωπαϊκά δίκτυα («Συνδέοντας την Ευρώπη») και λοιπά συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα.

3. Η Ειδική Υπηρεσία Θεσμικής Υποστήριξης (ΕΥΘΥ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Παρέχει υπηρεσίες νομικής υποστήριξης προς όλες τις Ειδικές Υπηρεσίες και Επιτελικές Δομές του ΕΣΠΑ 2014-2020, καθώς και το Αυτοτελές Τμήμα Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου, για τη διασφάλιση της συμβατότητας των παρεμβάσεων με το ενωσιακό και εθνικό δίκαιο.
β) Σχεδιάζει και παρακολουθεί την εφαρμογή των Συστημάτων Διαχείρισης και Ελέγχου, αξιολογεί την αποτελεσματικότητά τους και προβαίνει στις απαραίτητες προσαρμογές.
γ) Διαμορφώνει και εισηγείται προτάσεις για τη συνεχή απλούστευση του συστήματος υλοποίησης των συγχρηματοδοτούμενων πράξεων, προωθεί τη θέσπιση των σχετικών μέτρων και παρακολουθεί την απόδοσή τους.
δ) Διαμορφώνει τη στρατηγική για την πρόληψη και καταπολέμηση της απάτης στις Διαρθρωτικές Δράσεις και μεριμνά για τη δημιουργία και λειτουργία αποτελεσματικού μηχανισμού εξέτασης καταγγελιών.

4. Η Ειδική Υπηρεσία Ολοκληρωμένου Πληροφοριακού Συστήματος (ΕΥΟΠΣ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Σχεδιάζει, αναπτύσσει και προσαρμόζει το Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα (ΟΠΣ) στις απαιτήσεις υλοποίησης του ΕΣΠΑ 2014-2020 και των άλλων αναπτυξιακών προγραμμάτων.
β) Εκπαιδεύει και υποστηρίζει τους χρήστες στη λειτουργία του ΟΠΣ και των παράλληλων επικουρικών πληροφοριακών συστημάτων.
γ) Επεξεργάζεται και αξιοποιεί τα δεδομένα που καταχωρίζονται στο ΟΠΣ με σκοπό την ικανοποίηση απαιτήσεων των χρηστών των συστημάτων και την παροχή στατιστικών δεδομένων για την αξιολόγηση της απόδοσης και υιοθέτησης μέτρων ή τη διαπίστωση της ανάγκης θέσπισης νέων.
δ) Συντηρεί τις εφαρμογές του ΟΠΣ και των παράλληλων επικουρικών πληροφοριακών συστημάτων.

5. Η Ειδική Υπηρεσία Κρατικών Ενισχύσεων (ΕΥΚΕ), η οποία συνιστάται ως Ειδική Υπηρεσία, η οποία είναι διοικητική μονάδα επιπέδου Διεύθυνσης Υπουργείου, η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Λειτουργεί ως ΑΜΚΕ του ν. 4152/2013 για το Υπουργείο Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και για όλα τα συγχρηματοδοτούμενα από τα ΕΔΕΤ έργα.
β) Είναι κεντρικός διαχειριστής του Πληροφοριακού Συστήματος Κρατικών Ενισχύσεων (ΠΣΚΕ), η χρήση του οποίου είναι υποχρεωτική για το σύνολο των δράσεων στήριξης της επιχειρηματικότητας που χρηματοδοτούνται από το ΕΣΠΑ 2014-2020, καθώς και για τις λοιπές δράσεις αρμοδιότητας του Υπουργείου Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας.
γ) Οι αρμοδιότητες της Μονάδας Δ' της Ειδικής Υπηρεσίας Συντονισμού Εφαρμογής Επιχειρησιακών Προγραμμάτων της Εθνικής Αρχής Συντονισμού για δράσεις κρατικών ενισχύσεων των ΕΠ της προγραμματικής περιόδου 2007-2013 μεταβιβάζονται στη νέα Ειδική Υπηρεσία Κρατικών Ενισχύσεων της ΕΑΣ, με την επιφύλαξη των διατάξεων του ν. 4152/2013.

6) Η Ειδική Υπηρεσία Συντονισμού και Παρακολούθησης Δράσεων Ευρωπαϊκού Κοινωνικού Ταμείου (ΕΥΣΕΚΤ), η οποία έχει κυρίως τις ακόλουθες αρμοδιότητες:
α) Συντονίζει το σχεδιασμό και την αξιολόγηση των παρεμβάσεων του ΕΚΤ, που υλοποιούνται στο ΕΣΠΑ και στα ΕΠ.
β) Συντονίζει την εφαρμογή των παρεμβάσεων του ΕΚΤ που υλοποιούνται στο ΕΣΠΑ και στα ΕΠ.