1. Σε κάθε Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης, στις Επιτελικές Δομές, στην Αρχή Πιστοποίησης και στις Ειδικές Υπηρεσίες της Εθνικής Αρχής Συντονισμού (ΕΑΣ), συνιστάται μία θέση προϊσταμένου επιπέδου Διεύθυνσης και θέσεις προϊσταμένων μονάδων επιπέδου Τμήματος. Ειδικότερα, στις Ειδικές Υπηρεσίες που συστήθηκαν βάσει των παραγράφων 3 και 4 του άρθρου 5 συνιστώνται και θέσεις προϊσταμένων τομέων, επιπέδου υποδιεύθυνσης. Με την απόφαση της παράγραφο 3 του άρθρου 58 δύναται να συνιστώνται θέσεις προϊσταμένων τομέων επιπέδου υποδιεύθυνσης στις Ειδικές Υπηρεσίες της παρ. 6 του άρθρου 18. Επίσης, στην ΕΑΣ συνιστάται μία θέση προϊσταμένου επιπέδου Γενικής Διεύθυνσης.

2. Οι Προϊστάμενοι των Ειδικών Υπηρεσιών και των Μονάδων τους, της Κεντρικής Υπηρεσίας της ΜΟΔ ΑΕ και ο Προϊστάμενος της Εθνικής Αρχής Συντονισμού επιλέγονται μετά από δημόσια εσωτερική προκήρυξη, που πραγματοποιείται από την ΜΟΔ ΑΕ και απευθύνεται στο σύνολο του προσωπικού της ΜΟΔ ΑΕ και του προσωπικού που κατά τη δημοσίευση της προκήρυξης υπηρετεί με απόσπαση ή μετακίνηση στις Ειδικές Υπηρεσίες και στην Κεντρική Υπηρεσία της ΜΟΔ ΑΕ. Η διαδικασία επιλογής, η οποία αφορά στον καθορισμό τυπικών, ουσιαστικών και πρόσθετων προσόντων, στον έλεγχο προϋποθέσεων και τυπικών προσόντων και στη διενέργεια γραπτών εξετάσεων και συνεντεύξεων, τα αρμόδια όργανα και κάθε άλλο σχετικό θέμα, καθορίζεται με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας μετά από εισήγηση του ΔΣ της ΜΟΔ ΑΕ. Για την επιλογή των ανωτέρω αναφερομένων Προϊσταμένων συνεκτιμάται η επιστημονική κατάρτιση, η προϋπηρεσία σε θέση ευθύνης, η προϋπηρεσία σε συναφές αντικείμενο, η γνώση ξένων γλωσσών, οι διοικητικές ικανότητες, η ικανότητα ανάληψης πρωτοβουλιών, η ικανότητα για συνεργασία και συλλογική εργασία του υπαλλήλου.

3. Οι Προϊστάμενοι των Ειδικών Υπηρεσιών και των μονάδων τους τοποθετούνται με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης μετά από εισήγηση του Δ.Σ. της Μ.Ο.Δ. Α.Ε.. Οι προϊστάμενοι της Κεντρικής Υπηρεσίας (ΚΥ) της Μ.Ο.Δ. Α.Ε. τοποθετούνται με απόφαση του προέδρου της Μ.Ο.Δ. Α.Ε. μετά από εισήγηση του Δ.Σ. της Μ.Ο.Δ. Α.Ε.. Οι ανωτέρω προϊστάμενοι τοποθετούνται στις θέσεις αυτές για θητεία πέντε (5) ετών, που μπορεί να ανανεώνεται με όμοια απόφαση. Οι προϊστάμενοι των Ειδικών Υπηρεσιών και των μονάδων τους και οι προϊστάμενοι της ΚΥ της Μ.Ο.Δ. Α.Ε. που είχαν επιλεγεί σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 3614/2007 ή τις διατάξεις του ν. 4314/2014 ή ειδικές διατάξεις και δεν θα τοποθετηθούν ως προϊστάμενοι αντίστοιχου επιπέδου κατ' εφαρμογή της διαδικασίας της παραγράφου 2, δύνανται κατόπιν αίτησής τους να τοποθετηθούν σε θέση στελέχους στην υπηρεσία που υπηρετούσαν, ως προϊστάμενοι εφαρμοζομένων των διατάξεων των παραγράφων 1 και 2 του άρθρου 36.

4. α) Με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης ο προϊστάμενος οργανικής μονάδας των Ειδικών Υπηρεσιών του παρόντος νόμου, της Κεντρικής Υπηρεσίας της ΜΟΔ και της Εθνικής Αρχής Συντονισμού παύεται υποχρεωτικά πριν από τη λήξη της θητείας του, αν συντρέξει οποιαδήποτε από τις ακόλουθες προϋποθέσεις:
αα) αν καταδικαστεί τελεσιδίκως για τα προβλεπόμενα στην περ. α) της παρ. 1 του άρθρου 8 του ν. 3528/2007 (Α΄ 26) αδικήματα.
ββ) αν στερηθεί λόγω καταδίκης τα πολιτικά του δικαιώματα και για όσο χρόνο διαρκεί η στέρηση αυτή,
γγ) αν υποβληθεί σε στερητική δικαστική συμπαράσταση (πλήρη ή μερική), σε επικουρική δικαστική συμπαράσταση (πλήρη ή μερική) ή το Δικαστήριο έχει αποφασίσει συνδυασμό των δύο προηγούμενων ρυθμίσεων.
δδ) αν τεθεί σε διαθεσιμότητα ή αργία ή του επιβληθεί τελεσίδικα οποιαδήποτε πειθαρχική ποινή ανώτερη του προστίμου αποδοχών τεσσάρων (4) μηνών για οποιοδήποτε πειθαρχικό παράπτωμα μέχρι τη διαγραφή της ποινής κατά το άρθρο 145.
β) Με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης, κατόπιν εισήγησης του Γενικού ή Ειδικού Γραμματέα ή Περιφερειάρχη ή Υπουργού, στον οποίο υπάγεται η ειδική υπηρεσία, στην περίπτωση της ΜΟΔ ΑΕ του Προέδρου του ΔΣ της και στην περίπτωση του Προϊσταμένου της Εθνικής Αρχής Συντονισμού, με εισήγηση του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Επενδύσεων και ΕΣΠΑ, ο προϊστάμενος απαλλάσσεται από τα καθήκοντά του πριν από τη λήξη της θητείας του για σοβαρό υπηρεσιακό λόγο που αφορά πλημμελή άσκηση των καθηκόντων του. Για την έκδοση της ως άνω απόφασης απαιτείται η προηγούμενη σύμφωνη γνώμη Επιτροπής, η οποία συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης, με την οποία ρυθμίζεται και κάθε σχετικό με τη λειτουργία της θέμα και αποτελείται από τον νομικό σύμβουλο ή τον πάρεδρο του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους του Υπουργείου Οικονομίας και Ανάπτυξης και δύο (2) μέλη του Ανώτατου Συμβουλίου Επιλογής Προσωπικού (Α.Σ.Ε.Π.) που υποδεικνύονται από τον Πρόεδρό του. Η γνώμη της Επιτροπής εκδίδεται μετά από κλήση σε ακρόαση του προϊσταμένου.
 γ) Ο προϊστάμενος μπορεί επίσης να απαλλαγεί από τα καθήκοντά του με αίτηση του κοινοποιούμενη στον Γενικό ή Ειδικό Γραμματέα ή Περιφερειάρχη ή Υπουργό στον οποίο υπάγεται η ειδική υπηρεσία και στην περίπτωση της ΜΟΔ ΑΕ στον Πρόεδρο του ΔΣ της, ύστερα από απόφαση του Υπουργού Οικονομίας και Ανάπτυξης

5. Ο Γενικός ή Ειδικός Γραμματέας ή ο Περιφερειάρχης, όταν απουσιάζουν ή κωλύονται, αναπληρώνεται από τον προϊστάμενο της Ειδικής Υπηρεσίας.

6. Ο προϊστάμενος της Ειδικής Υπηρεσίας όταν απουσιάζει ή κωλύεται αναπληρώνεται από τον Υποδιευθυντή και εφόσον ο τελευταίος δεν υφίσταται, από τον Προϊστάμενο, που έχει ασκήσει περισσότερο χρόνο καθήκοντα προϊσταμένου μονάδος στην Ειδική Υπηρεσία. Η ως άνω διάταξη ισχύει και σε περίπτωση κένωσης θέσης προϊσταμένου Ειδικής Υπηρεσίας και μέχρι την τοποθέτηση νέου, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.