Οι δράσεις των προγραμμάτων ΠΑΑ και ΕΠΑλθ που θα εγγραφούν στο ΠΔΕ θα χρηματοδοτηθούν με μεταφορά των πιστώσεων από την Τράπεζα της Ελλάδος στον ειδικό λογαριασμό (ΕΛΕΓΕΠ) που τηρεί σε πιστωτικό ίδρυμα ο ΟΠΕΚΕΠΕ. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών, Οικονομίας, Ανάπτυξης και Τουρισμού και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων ρυθμίζονται θέματα σχετικά με τη διαδικασία πληρωμών των έργων των προγραμμάτων ΠΑΑ και ΕΠΑλθ που θα βαρύνουν τον ανωτέρω ειδικό λογαριασμό. Ειδικότερα για το ΠΑΑ, οι δημόσιες δαπάνες μπορούν να χρηματοδοτηθούν από το ΠΔΕ ή και τον τακτικό προϋπολογισμό, όπως κάθε φορά ορίζεται στην απόφαση ένταξης της κάθε πράξης στο ΠΑΑ.