1. Οι υπηρετούντες προϊστάμενοι οργανικών μονάδων επιπέδου Γενικής Διεύθυνσης, καθώς και Διεύθυνσης και Υποδιεύθυνσης των Υπηρεσιών που υπάγονται απευθείας στον Γενικό Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων, της Κεντρικής Υπηρεσίας, των Ειδικών Αποκεντρωμένων Υπηρεσιών και των Ειδικών Δ.Ο.Υ., (ΦΑΕ Αθηνών, Δ.Ο.Υ. Κατοίκων Εξωτερικού, Δ.Ο.Υ. Πλοίων, ΦΑΕ Πειραιά, ΦΑΕ Θεσσαλονίκης), καθώς και των Τελωνείων: Α' Εισαγωγών-Εξαγωγών Θεσσαλονίκης, Διεθνή Αερολιμένα Αθηνών, Ε' Εισαγωγής Πειραιά και ΣΤ' Εξαγωγών-Εισαγωγών Πειραιά, συνεχίζουν να ασκούν τα καθήκοντά τους στις αντίστοιχες οργανικές μονάδες της Αρχής για το υπόλοιπο της θητείας τους, εφόσον κριθούν κατάλληλοι μετά από αξιολόγηση πριν την έναρξη λειτουργίας της Αρχής, άλλως μεταφέρονται ως υπάλληλοι. Οι προϊστάμενοι που επιλέγονται και τοποθετούνται εντός του 2016, καθώς και οι προϊστάμενοι που δεν ανήκουν στην κατηγορία του πρώτου εδαφίου, μεταφέρονται αυτοδίκαια στις αντίστοιχες θέσεις της Αρχής για το υπόλοιπο της θητείας τους, χωρίς προηγούμενη αξιολόγηση.

2. Το προσωπικό με σχέση δημοσίου δικαίου, ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου ή ορισμένου χρόνου ή με σχέση έμμισθης εντολής, που υπηρετεί ή κατέχει οργανική θέση κατά την προηγούμενη ημερομηνία της έναρξης λειτουργίας της Αρχής στη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων (Γ.Γ.Δ.Ε.), μεταφέρεται αυτοδικαίως με την ίδια σχέση εργασίας στις αντίστοιχες θέσεις της Αρχής, με την επιφύλαξη της παραγράφου 1 του παρόντος άρθρου. Το προσωπικό με τις ως άνω σχέσεις εργασίας που μέχρι την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου έχει μετακινηθεί από τις υπηρεσίες της Γ.Γ.Δ.Ε. σε άλλες υπηρεσίες του Υπουργείου Οικονομικών και αντιστρόφως, καταλαμβάνει οργανικές θέσεις από τις υφιστάμενες κενές οργανικές θέσεις στις υπηρεσίες στις οποίες έχει μετακινηθεί.

3. Η Αρχή υπεισέρχεται σε κάθε στάδιο των εκκρεμών διαδικασιών διορισμών και πάσης φύσεως υπηρεσιακών μεταβολών της Γ. Γ.Δ. Ε. χωρίς να απαιτείται επανάληψή τους, με την επιφύλαξη τυχόν ειδικότερων διατάξεων.

4. Οι αποσπάσεις προσωπικού από και προς τη Γ. Γ.Δ. Ε. διατηρούνται σε ισχύ και μετά την έναρξη λειτουργίας της Αρχής μέχρι τη λήξη τους. Η παράγραφος 7 του άρθρου 25 καταλαμβάνει και τις περιπτώσεις παράτασης των αποσπάσεων.

5. Οι υπάλληλοι που θα αξιολογηθούν ως ακατάλληλοι ή ανεπαρκείς κατά τον πρώτο χρόνο λειτουργίας της Αρχής, μεταφέρονται από αυτήν. Η διαδικασία, ο τρόπος και τα ειδικότερα ζητήματα της μεταφοράς από την Αρχή καθορίζονται με κοινή απόφαση του Υπουργού Οικονομικών και του Υπουργού Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης.

6. Από την έναρξη λειτουργίας της Αρχής το προσωπικό κατατάσσεται στα ίδια μισθολογικά κλιμάκια, σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις, διατηρεί το σύνολο των αποδοχών του, συμπεριλαμβανομένης της προσωπικής διαφοράς, και εξακολουθεί να διέπεται από το ίδιο συνταξιοδοτικό και ασφαλιστικό καθεστώς κύριας, επικουρικής ασφάλισης και πρόνοιας, που είχε ως προσωπικό της Γ. Γ.Δ. Ε. του Υπουργείου Οικονομικών.

7. Από τη δημοσίευση του παρόντος νόμου, για την επιλογή και τοποθέτηση προϊσταμένων οργανικών μονάδων επιπέδου Γενικής Διεύθυνσης, Διεύθυνσης, Υποδιεύθυνσης και Τμήματος των υπηρεσιών της Γ.Γ.Δ.Ε., καθώς και των υπεύθυνων Αυτοτελών Γραφείων όλων των υπηρεσιών αυτής, εφαρμόζονται αναλογικά οι διατάξεις του άρθρου 26.
Κατά την πρώτη εφαρμογή της παρούσας παραγράφου, όλοι οι υποψήφιοι για την επιλογή προϊσταμένων οργανικών μονάδων λαμβάνουν τον ανώτατο αριθμό μορίων για την ομάδα κριτηρίων (γ) «μοριοδότηση βάσει αξιολόγησης.
Κατά παρέκκλιση του π.δ. 69/2016 (Α' 127), για τις επιλογές προϊσταμένων οργανικών μονάδων της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων που θα γίνουν έως τις 31.12.2016, ο χρόνος απασχόλησης στον ιδιωτικό τομέα της υποπερίπτωσης ββ' της περίπτωσης β' της παρ. 3 του άρθρου 85 του ν. 3528/2007 (Α' 26) λαμβάνεται υπόψη από τα γνωμοδοτικά συμβούλια επιλογής προϊσταμένων της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων για τη μοριοδότηση της ομάδας κριτηρίων (β) «Εργασιακή εμπειρία και άσκηση καθηκόντων ευθύνης», ανεξαρτήτως συνάφειας αυτού με την προς πλήρωση θέση, εφόσον: 
(α) έχει αποκτηθεί μετά την απόκτηση του βασικού τίτλου σπουδών της κατηγορίας/εκπαιδευτικής βαθμίδας, στην οποία υπηρετεί ο υπάλληλος κατά το χρόνο της ένταξης, και μετά την απόκτηση της άδειας άσκησης επαγγέλματος, όπου αυτή απαιτείται, και 
(β) αποδεικνύεται με ένα τουλάχιστον από τα προβλεπόμενα στις παραγράφους 2 και 3 του άρθρου 6 του π.δ. 69/2016 οικεία δικαιολογητικά.