1. Στη Ρ.Α.Λ. συνιστάται Γενική Διεύθυνση, της οποίας προΐσταται Γενικός Διευθυντής. Η Γενική Διεύθυνση αποτελείται από μία Διεύθυνση Παρακολούθησης και Ελέγχου Αγοράς, η οποία περιλαμβάνει κατ' ελάχιστον Τμήματα Νομικής και Οικονομικής Τεκμηρίωσης, και μία Διεύθυνση Διοικητικής και Οικονομικής Υποστήριξης, η οποία με τα αντίστοιχα τμήματα εξασφαλίζει την αυτοτελή διοίκηση του προσωπικού και οικονομική διαχείριση των πόρων της Ρ.Α.Λ..

2. Για τη νομική υποστήριξη της Ρ.Α.Λ. συνιστάται Γραφείο Νομικής Υποστήριξης, υπαγόμενο απευθείας στον Πρόεδρο αυτής.

3. Οι θέσεις του προσωπικού της Ρ.Α.Λ. είναι τριάντα πέντε (35). Οι θέσεις αυτές, στις οποίες δεν περιλαμβάνεται εκείνη του δικηγόρου του Γραφείου Νομικής Υποστήριξης, κατανέμονται ως εξής:
α) Ειδικό Επιστημονικό Προσωπικό με σχέση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου, όπως αυτό ορίζεται στο π.δ. 50/2001: είκοσι πέντε (25) θέσεις.
β. Διοικητικό Προσωπικό: δέκα (10) θέσεις.
Επιπροσθέτως συνιστάται μια (1) θέση δικηγόρου με έμμισθη εντολή, ο οποίος στελεχώνει το Γραφείο Νομικής Υποστήριξης και προσλαμβάνεται με προκήρυξη, σύμφωνα με το άρθρο 43 του ν. 4194/2013 «Κώδικας Δικηγόρων» (Α' 208).

4. Επιτρέπεται η πλήρωση των ανωτέρω θέσεων: α) με διορισμό σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 2190/1994, β) με μετάταξη μόνιμων ή με σύμβαση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου υπαλλήλων του Δημοσίου, Ν.Π.Δ.Δ. ή του ευρύτερου δημόσιου τομέα, όπως αυτός ορίζεται από το άρθρο 51 του ν. 1892/1990 (Α' 101), γ) με απόσπαση μόνιμων ή με σύμβαση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου υπαλλήλων του Δημοσίου, Ν. Π.Δ.Δ. ή άλλων φορέων του ευρύτερου δημόσιου τομέα, όπως αυτός ορίζεται από το ν. 1892/1990 (Α' 101). Η μετάταξη και η απόσπαση διενεργούνται με κοινή απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και του αρμόδιου κατά περίπτωση Υπουργού, χωρίς τη γνώμη υπηρεσιακού συμβουλίου ή άλλου οργάνου, οι δε μετατασσόμενοι και αποσπασμένοι οφείλουν να συγκεντρώνουν τα προσόντα αντίστοιχου διοριζόμενου - προσλαμβανόμενου. Για τη διακοπή της απόσπασης απαιτείται η γνώμη του Προέδρου της Ρ.Α.Λ.. Η απόσπαση υπαλλήλου μπορεί να διακοπεί, ύστερα από εισήγηση της Ρ.Α.Λ., αν οι ανάγκες, για τις οποίες έγινε η απόσπαση του συγκεκριμένου υπαλλήλου, μπορούν να καλυφθούν από το προσωπικό της.
Το ειδικό επιστημονικό προσωπικό προσλαμβάνεται με σύμβαση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 2190/1994 (Α' 28), όπως ισχύει. Η πλήρωση των θέσεων αυτών μπορεί να γίνει και με μετάταξη ή απόσπαση, κατά τις διατάξεις του παρόντος άρθρου. Με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής καθορίζεται ο τρόπος, η διαδικασία και κάθε άλλη λεπτομέρεια για τη δημόσια ανακοίνωση και την υποβολή των υποψηφιοτήτων.
Το προσωπικό το οποίο μετατάσσεται αυτοδικαίως στη Ρ.Α.Λ., σύμφωνα με την παράγραφο 6 του άρθρου 108 του παρόντος καταλαμβάνει οργανικές θέσεις της παρούσας παραγράφου.
Με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής είναι δυνατόν να διατίθεται ή αποσπάται στη Ρ.Α.Λ. προσωπικό που υπηρετεί στο Υπουργείο Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, στο Λιμενικό Σώμα και σε νομικά πρόσωπα εποπτευόμενα από τον Υπουργό Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, συμπεριλαμβανομένων των Οργανισμών Λιμένος Α. Ε., σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία.

5. Η επιλογή του Γενικού Διευθυντή, καθώς και των Προϊσταμένων Διευθύνσεων και Τμημάτων γίνεται σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στις κείμενες διατάξεις του άρθρου 84 του ν. 3528/2007 «Κύρωση του Κώδικα Κατάστασης Δημόσιων Πολιτικών Διοικητικών Υπαλλήλων και Υπαλλήλων Ν.Π.Δ.Δ.» (Α' 26), όπως ισχύει.
Η θητεία του Γενικού Διευθυντή και των Προϊσταμένων Διευθύνσεων είναι τριετής και μπορεί να ανανεωθεί μία (1) μόνο φορά.
Η θέση του Γενικού Διευθυντή και των Προϊσταμένων Διευθύνσεων μπορεί να πληρούται και με απόσπαση υπαλλήλων, με τη διαδικασία της προηγούμενης παραγράφου, και διενεργείται με κοινή απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και του αρμόδιου κατά περίπτωση Υπουργού, κατά παρέκκλιση από τις σχετικές διατάξεις της κείμενης νομοθεσίας. Η απόσπαση πραγματοποιείται για χρόνο ίσο με τη θητεία του Γενικού Διευθυντή και των Προϊσταμένων Διευθύνσεων και χωρίς να απαιτείται γνώμη του Υπηρεσιακού Συμβουλίου της υπηρεσίας από την οποία προέρχεται ο αποσπασμένος. Ο Γενικός Διευθυντής και οι Προϊστάμενοι Διευθύνσεων της Ρ.Α.Λ. λαμβάνουν τις κάθε είδους αποδοχές, επιδόματα, προσαυξήσεις και λοιπές παροχές που προβλέπονται για τους Γενικούς Διευθυντές και Προϊσταμένους Διευθύνσεων των κεντρικών υπηρεσιών Υπουργείων.

6. α. Για την οργάνωση και διάρθρωση των υπηρεσιών της Ρ.Α.Λ., τις αρμοδιότητες των οργανικών της μονάδων, τις αρμοδιότητες του Γενικού Διευθυντή και των προϊσταμένων των διευθύνσεων και τμημάτων, τις ειδικότητες των θέσεων του προσωπικού και την κατανομή του στις οργανικές μονάδες της Ρ.Α.Λ., την αξιολόγησή του προσωπικού, καθώς και για τη συγκρότηση και λειτουργία υπηρεσιακού και πειθαρχικού συμβουλίου, εφαρμογή έχουν οι διατάξεις των άρθρων 6, 7 και 9 έως 15 των Κεφαλαίων III και IV του π.δ. 19/2016 «Κανονισμός Λειτουργίας και Οργάνωση Υπηρεσιών της Ρυθμιστικής Αρχής Λιμένων» (Α' 28).
β. Οι μετακινήσεις του προσωπικού της Ρ.Α.Λ. στο εσωτερικό και εξωτερικό για υπηρεσιακούς λόγους εγκρίνονται από τον Πρόεδρο της Ρ.Α.Λ. ή τον Γενικό Διευθυντή μετά από σχετική εξουσιοδότηση. Στην έγκριση καθορίζονται ο προορισμός της μετάβασης, ο σκοπός και η διάρκεια αυτής και ο προϋπολογισμός του κόστους της. Για τις δαπάνες μετακίνησης, την ημερήσια αποζημίωση και για κάθε συναφές με τις μετακινήσεις ζήτημα εφαρμογή έχουν οι διατάξεις της ισχύουσας νομοθεσίας.
γ. Προσωπικό, το οποίο κατείχε οργανική θέση υπαλλήλου δημόσιου τομέα και έχει τοποθετηθεί σε οργανικές θέσεις της Ρ.Α.Λ. με μετάταξη, επανέρχεται αυτοδικαίως στις θέσεις που κατείχε πριν τη μετάταξη σε περίπτωση καταργήσεως της Ρ.Α.Λ..
δ. Το στοιχείο γ' της παρ. 1 του άρθρου 11 του π.δ. 19/2016 «Κανονισμός Λειτουργίας και Οργάνωση Υπηρεσιών της Ρυθμιστικής Αρχής Λιμένων» Α' 28/2016) αντικαθίσταται ως εξής:
« (γ) η παροχή εμπεριστατωμένων εισηγήσεων προς τον Πρόεδρο και τα μέλη της Ρ.Α.Λ. μετά από ανάλυση δεδομένων και αξιολόγηση κινδύνων, καθώς και η διαμόρφωση εναλλακτικών επιλογών βάσει της ανάλυσης του εσωτερικού και εξωτερικού περιβάλλοντος λειτουργίας της Αρχής».