1.Η Διεύθυνση Οικονομικής Λειτουργίας αποτελείται από τα εξής τμήματα:

Α) Τμήμα Προϋπολογισμού και Δαπανών, με αρμοδιότητες:

α. Την σύνταξη του επιχειρησιακού πλάνου δράσης (Business Plan) της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, με συλλογή στοιχείων, για όλες τις δραστηριότητες της.
β. Τον προσδιορισμό και την καθιέρωση κέντρων κόστους (cost centers), για κάθε μία από τις λειτουργίες της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας και το συνυπολογισμό τους κατά τη σύνταξη του διακριτού προϋπολογισμού της.
γ. Την υποβολή του επιχειρησιακού πλάνου δράσης στον Γενικό Διευθυντή της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας προς έγκριση και διαβίβαση αρμοδίως.
δ. Την κατάρτιση των απαιτούμενων, κατά νόμο, οικονομικών καταστάσεων της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας και την υποβολή τους αρμοδίως.
ε. Τη συγκέντρωση των οικονομικών στοιχείων, την επεξεργασία με σκοπό την κατάρτιση του ετήσιου Τακτικού Προϋπολογισμού και των μηνιαίων στόχων, σε συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσιακές μονάδες, καθώς και την τροποποίηση του.
στ. Την παρακολούθηση της εκτέλεσης του Προϋπολογισμού, εντός των ανώτατων ορίων, όπως και της κίνησης των πιστώσεων, της ανακατανομής αυτών, καθώς και την αντιμετώπιση θεμάτων ειδικών λογαριασμών.
ζ. Την αξιολόγηση του εκτελούμενου προϋπολογισμού, με σκοπό τη μείωση των δαπανών.
η. Την αξιολόγηση, επεξεργασία και παροχή οικονομικών στοιχείων προς τρίτους φορείς. θ. Τη συγκέντρωση και επεξεργασία των οικονομικών
στοιχείων και την κατάρτιση και υποβολή αρμοδίως του Μεσοπρόθεσμου Πλαισίου Δημοσιονομικής Στρατηγικής (ΜΠΔΣ) της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας.
ι. Την εποπτεία της τήρησης και της καταχώρησης δεδομένων του Μητρώου Δεσμεύσεων της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, σε συνεργασία με την Υπηρεσία Δημοσιονομικού Ελέγχου.
ια. Την εξασφάλιση πιστώσεων, από τον Κρατικό Προϋπολογισμό, για τη χρηματοδότηση των δαπανών, καθώς και ενέργειες εκτέλεσης κάθε είδους δαπανών.
ιβ. Την εξασφάλιση πιστώσεων, από τα εισπραττόμενα από το κράτος, τέλη αεροναυτιλίας, με βάση την κοστολόγηση της λειτουργίας της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, με σκοπό τον εκσυγχρονισμό και την επικαιροποίηση του κανονιστικού και εποπτικού πλαισίου.
ιγ. Την έκδοση αποφάσεων ανάληψης υποχρέωσης, από τον Τακτικό Προϋπολογισμό της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας.
ιδ. Τη συγκέντρωση και αποστολή οικονομικών στοιχείων της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας προς την Ελληνική Στατιστική Αρχή και σε Διεθνείς Οργανισμούς.
ιε. Την κατάρτιση, εκτέλεση και σύνταξη απολογισμού του προγράμματος δημοσίων επενδύσεων.
ιστ. Τη σύνταξη εισηγήσεων και απόψεων αναφορικά με αγωγές υπαλλήλων, προσφυγές εταιρειών και επί ερωτημάτων κοινοβουλευτικού ελέγχου.
ιζ. Τον ορισμό παγίων προκαταβολών και την εποπτεία των υπολόγων χρηματικών ενταλμάτων προπληρωμής.
ιη. Την εφαρμογή των διαδικασιών για την κατάρτιση του Προϋπολογισμού. Τη σύνταξη Έκθεσης Προϋπολογισμού και την υποβολή της μαζί με τον Προϋπολογισμό στο Εκτελεστικό Συμβούλιο για την έκδοση απόφασης έγκρισης. Το Τμήμα Προϋπολογισμού και Δαπανών έχει την ευθύνη για την παρακολούθηση μη υπέρβασης των ορίων δαπανών, όπως αυτά περιγράφονται στον Προϋπολογισμό και το Μεσοπρόθεσμο Πλαίσιο Δημοσιονομικής Στρατηγικής (ΜΠΔΣ) της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας.
ιθ. Τη σύνταξη Έκθεσης Εκτέλεσης και Υλοποίησης του Προϋπολογισμού (Απολογιστική Έκθεση) προς το Εκτελεστικό Συμβούλιο, την οποία εισηγείται ο Διοικητής της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας προς έγκριση στο Εκτελεστικό Συμβούλιο. Κατόπιν της ως άνω έγκρισης η Έκθεση Εκτέλεσης και Υλοποίησης του Προϋπολογισμού διαβιβάζεται στην Επιτροπή Θεσμών και Διαφάνειας της Βουλής.
κ. Την παροχή των απαραίτητων οικονομικών στοιχείων στο Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου για την εκπόνηση των διαδικασιών εσωτερικού ελέγχου της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας.

Β) Τμήμα Εσόδων, με αρμοδιότητες

α. Τη βεβαίωση και την είσπραξη εσόδων.
β. Τον καθορισμό και την αναπροσαρμογή τελών και λοιπών εσόδων της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας.
γ. Την εκπόνηση και παρακολούθηση εφαρμογής των διαδικασιών βεβαίωσης είσπραξης τελών, εσόδων και προστίμων της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας. δ. Την παρακολούθηση χρηματικών περιουσιακών
στοιχείων, οφειλών και εσόδων της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας.
ε. Την κατάρτιση προϋπολογισμού εσόδων και γενικά τον προσδιορισμό των πόρων της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας, οι οποίοι δύναται να είναι πάσης φύσεως επιδοτήσεις, επιχορηγήσεις, χρηματοδοτήσεις ερευνητικών προγραμμάτων, χρηματοδοτήσεις από τα διαρθρωτικά ταμεία της Ευρωπαϊκής Ένωσης ή άλλους διεθνείς οργανισμούς, επιβαλλόμενα τέλη, εισπραττόμενα παράβολα, δίδακτρα ή άλλα έσοδα, από εκπαιδευτική δραστηριότητα, πιστοποιήσεις και αδειοδοτήσεις.
στ. Την ετήσια εισήγηση για τη θεσμοθέτηση του ύψους των τελών που επιβάλλει η Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας και συγκεκριμένα τέλη:
•    για την πιστοποίηση των αερομεταφορέων (AOC, BAOC),
•    για την έκδοση πιστοποιητικών αξιοπλοίας,
•    για την αδειοδότησης προσωπικού,
•    για την έκδοση αδειών και πιστοποιητικών που αναφέρονται στην εμπορική εκμετάλλευση αεροδρομίων,
•    για τα θέματα ασφάλειας,
•    για τα θέματα επίγειας εξυπηρέτησης,
•    για τα θέματα που αφορούν το νηολόγιο,
•    και κάθε άλλο τέλος που μπορεί να επιβληθεί ή να τροποποιηθεί.
ζ. Τη μέριμνα για την είσπραξη μέσω ειδικού λογαριασμού των εσόδων που προέρχονται από τα τέλη τερματικής περιοχής και τα τέλη υπέρπτησης. Την ετήσια εισήγηση σχετικά με το ύψος του ποσού που εισπράττεται από τα τέλη υπέρπτησης και τερματικής περιοχής.
η. Τη μέριμνα για την τήρηση των αρχών της αποτελεσματικής και αντιπροσωπευτικής κοστολόγησης, καθώς και των αρχών της διαφάνειας και της μη διάκρισης κατά τον προσδιορισμό του ύψους κάθε είδους τελών που επιβάλλει η Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας.

Γ) Τμήμα Διαγωνισμών και Συμβάσεων, με αρμοδιότητες:

α. Τη μέριμνα για τη διενέργεια των διαγωνισμών και τη διαχείριση όλων των διαδικασιών που αφορούν στη σύνταξη και παρακολούθηση της καλής εκτέλεσης των συμβάσεων προμήθειας κάθε είδους υλικών και άυλων αγαθών, καθώς και παροχής υπηρεσιών.
β. Την τήρηση εγγυητικών επιστολών.
γ. Τη διενέργεια διαγωνισμού, για την ανάθεση δημόσιας υπηρεσίας (άγονων γραμμών), σε συνεργασία με τη Διεύθυνση Κανονισμών και Εποπτείας Αεροπορικής Εκμετάλλευσης.
δ. Την εφαρμογή του ν. 4412/2016 «Δημόσιες Συμβάσεις Έργων, Προμηθειών και Υπηρεσιών (προσαρμογή στις Οδηγίες 2014/24/ΕΕ και 2014/25/ΕΕ) (Α'147) και του ν. 4413/2016 «Ανάθεση και εκτέλεση συμβάσεων παραχώρησης Εναρμόνιση με την Οδηγία 2014/23/ΕΕ του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου της 26ης Φεβρουαρίου 2014 σχετικά με την ανάθεση συμβάσεων παραχώρησης (ΕΕ L 94/1/28.3.2014) και άλλες διατάξεις (Α'148).»

Δ) Τμήμα Λογιστηρίου, Μισθοδοσίας, Υλικού και Εκκαθάρισης Δαπανών, με αρμοδιότητες:

α. Τον ορισμό των υπολόγων χρηματικού και την έκδοση καταλογιστικών αποφάσεων σε βάρος τρίτων.
β. Τη συγκέντρωση δικαιολογητικών δαπανών, τη σύνταξη εκθέσεων δαπανών και την εκκαθάριση των δαπανών.
γ. Την εκκαθάριση αποδοχών και το χειρισμό θεμάτων που αφορούν στη μισθοδοσία του προσωπικού της Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας.
δ. Την έκδοση καταλογιστικών αποφάσεων και την εκτέλεση δικαστικών αποφάσεων που αφορούν σε θέματα μισθοδοσίας.
ε. Την παρακολούθηση και την εκκαθάριση ειδικών αποζημιώσεων.
στ. Την εκκαθάριση των αμοιβών επιτροπών εργασίας και εκπαιδευτών.
ζ. Τον καταλογισμό και τη βεβαίωση στη Δ.Ο.Υ. των οφειλομένων ποσών μισθοδοσίας προσωπικού, τη βεβαίωση ανεξόφλητων οφειλών στη Δ.Ο.Υ. και την απόδοση Φ.Π.Α..
η. Την παρακολούθηση κίνησης λογαριασμών και οφειλών.
θ. Τις διευθετήσεις διαφορών τελών και λοιπών εσόδων.
ι. Τη σύνταξη απόψεων, για την απάντηση σε ερωτήματα κοινοβουλευτικού ελέγχου, αρμοδιότητας του Τμήματος.
ια. Το χειρισμό, εφαρμογή, παρακολούθηση και τήρηση μισθολογικών διατάξεων (τακτικές, έκτακτες αποδοχές, επιδόματα, αποζημιώσεις).
ιβ. Την έκδοση φορολογικών και μισθολογικών βεβαιώσεων και την τήρηση μισθολογικού μητρώου.
ιγ. Την παρακολούθηση, ανακατανομή και έγκριση χορήγησης υλικών εξοπλισμού.
ιδ. Τη μέριμνα μηχανογράφησης στοιχείων διοίκησης υλικών.
ιε. Την τήρηση λογιστικής των λογαριασμών υλικού της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας. ιστ. Τη γενική διαχείριση παγίων προκαταβολών.

2.Τα υπό στοιχεία Α' και Β' Τμήματα της παραγράφου 1,σε συνεργασία με την Εποπτική Αρχή Τελών Αερολιμένων του άρθρου 18, έχουν τη ρυθμιστική και εποπτική αρμοδιότητα για τη βελτίωση και τον έλεγχο της οικονομικής λειτουργίας (economic regulator) της Αρχής Πολιτικής Αεροπορίας και της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας. Για την εκπλήρωση του σκοπού αυτού στα ως άνω Τμήματα προΐστανται υπάλληλοι πανεπιστημιακής εκπαίδευσης ΠΕ5 Οικονομικών πτυχιούχων των κλάδων οικονομικών, χρηματοοικονομικών, νομικής, κατόχων υψηλών τυπικών προσόντων. Περαιτέρω εξειδίκευση των απαιτούμενων τυπικών προσόντων προσδιορίζεται με την έκδοση προεδρικού διατάγματος, μετά από πρόταση του Υπουργού Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων.