Η Διεύθυνση Οικονομικής Υποστήριξης και Συντονισμού της ΓΔΔΟΤΥΣ αποτελείται από τα κάτωθι τμήματα:

Α) Τμήμα Συντονισμού Προϋπολογισμού και Δαπανών, με αρμοδιότητες:

α. Τη συγκέντρωση των στοιχείων προϋπολογισμού της Γενικής Διεύθυνσης Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και της Γενικής Διεύθυνσης Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων, με τις κάτωθι Διευθύνσεις και τη σύνταξη του ενιαίου προϋπολογισμού της Υπηρεσίας, με σκοπό την ομοιόμορφη καταγραφή εσόδων, εξόδων, δαπανών και την υποβολή αρμοδίως.
β. Την παροχή οδηγιών και διευκρινήσεων και την επίλυση προβλημάτων που προκύπτουν κατά την εκτέλεση των διακριτών προϋπολογισμών της Γενικής Διεύθυνσης Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και της Γενικής Διεύθυνσης Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων.
γ. Την παρακολούθηση της εκτέλεσης του Προϋπολογισμού και της κίνησης των πιστώσεων, της ανακατανομής αυτών, καθώς και την αντιμετώπιση θεμάτων ειδικών λογαριασμών.
δ. Την αξιολόγηση του εκτελούμενου προϋπολογισμού με σκοπό τη μείωση των δαπανών και τη χρησιμοποίηση όλων των πόρων με αποδοτικό και αποτελεσματικό τρόπο.
ε. Την αξιολόγηση, επεξεργασία και παροχή οικονομικών στοιχείων προς τρίτους φορείς εντός της Ελληνικής Διοίκησης.
στ. Το χειρισμό δημοσιονομικών θεμάτων με εφαρμογή της σχετικής νομοθεσίας.
ζ. Την παρακολούθηση των ορίων διαθέσεων πιστώσεων και μηνιαίων πληρωμών.
η. Την παρακολούθηση των τριμηνιαίων στόχων εκτέλεσης του Προϋπολογισμού του φορέα και τη συμπλήρωση και υποβολή σχετικών στοιχείων στο Υπουργείο Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων και στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.
θ. Τη συγκέντρωση και επεξεργασία των οικονομικών στοιχείων και την κατάρτιση και υποβολή αρμοδίως του Μεσοπρόθεσμου Πλαισίου Δημοσιονομικής Στρατηγικής (ΜΠΔΣ) της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας. Την παρακολούθηση της τήρησης των ανώτατων ορίων και στόχων που ορίζονται στο ΜΠΔΣ.
ι. Την εποπτεία της τήρησης και της καταχώρησης δεδομένων του Μητρώου Δεσμεύσεων της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας σε συνεργασία με την Υπηρεσία Δημοσιονομικού Ελέγχου.
ια. Την εξασφάλιση πιστώσεων από τον Κρατικό Προϋπολογισμό για τη χρηματοδότηση δαπανών.
ιβ. Την έκδοση αποφάσεων ανάληψης υποχρέωσης για όλους τους ΚΑΕ Τακτικού Προϋπολογισμού του φορέα εντός του ισχύοντος νομοθετικού πλαισίου και την καταχώριση των αναλαμβανομένων δεσμεύσεων στο βιβλίο εγκρίσεων και εντολών πληρωμής.
ιγ. Τη συγκέντρωση των δημοσιονομικών στοιχείων από το Μητρώο Δεσμεύσεων του Τακτικού Προϋπολογισμού της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας, την ανάρτηση μηνιαίων στοιχείων και την υποβολή αναφορών και εκθέσεων προς το Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.
ιδ. Τη συγκέντρωση και αποστολή οικονομικών στοιχείων της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας προς την Ελληνική Στατιστική Αρχή μέσω του Υπουργείου Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων. Μεταφορές πιστώσεων για χρηματοδότηση άλλων φορέων για προμήθειες και έργα αεροδρομίων.
ιε. Τον ορισμό παγίων προκαταβολών και υπολόγων χρηματικού και την εποπτεία των υπολόγων χρηματικών ενταλμάτων προπληρωμής.

Β) Τμήμα Διαγωνισμών και Συμβάσεων, με αρμοδιότητες:

α. Τη μέριμνα για την τήρηση της νομοθεσίας και την παροχή οδηγιών κατά τη διενέργεια διαγωνισμών προμηθειών υλικών και υπηρεσιών από τη Γενική Διεύθυνση Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και τη Γενική Διεύθυνση Διαχείρισης Αερολιμένων και Υδατοδρομίων και την εξασφάλιση των απαραίτητων πιστώσεων σε συνεργασία με το Τμήμα Προϋπολογισμού και Δαπανών για την διενέργεια των διαγωνισμών της Γενικής Διεύθυνσης Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και της Γενικής Διεύθυνση Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων.
β. Την παρακολούθηση χρηματικών περιουσιακών στοιχείων, οφειλών και εσόδων της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας και την κατάρτιση προϋπολογισμού εσόδων με την αξιοποίηση των στοιχείων που παρέχονται από τη Γενική Διεύθυνση Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και τη Γενική Διεύθυνση Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων.
γ. Το συντονισμό των οργανικών μονάδων για την ορθολογική και κεντρική προμήθεια υλικών και υπηρεσιών με τη συγκέντρωση απαιτήσεων και προδιαγραφών από τη Γενική Διεύθυνση Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και τη Γενική Διεύθυνση Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων, με σκοπό τη δημιουργία οικονομιών κλίμακας και την αποφυγή επικαλύψεων.

Γ) Τμήμα Μισθοδοσίας, Λογιστηρίου και Διαχείρισης Υλικού, με αρμοδιότητες:

α. Την παροχή διευκρινίσεων και την υποστήριξη της Γενικής Διεύθυνσης Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και της Γενικής Διεύθυνσης Διαχείρισης Αερολιμένων και Υδατοδρομίων κατά την εκκαθάριση των αποδοχών των υπαλλήλων της Γενικής Διεύθυνσης Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και της Γενικής Διεύθυνσης Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων.
β. Την παρακολούθηση και την εκκαθάριση ειδικών αποζημιώσεων και αμοιβών επιτροπών εργασίας και εκπαιδευτών που αφορούν αμφότερες τις Γενικές Διευθύνσεις Αεροναυτιλίας και Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων.
γ. Την παρακολούθηση κίνησης λογαριασμών και οφειλών με σκοπό αφενός το συντονισμό και την ομαλή λειτουργία της Γενικής Διεύθυνσης Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και της Γενικής Διεύθυνσης Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων και αφετέρου την τήρηση των κανόνων λειτουργικής και οικονομικής αυτοτέλειας της Γενικής Διεύθυνσης Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας και της Γενικής Διεύθυνσης Διαχείρισης Αεροδρομίων και Υδατοδρομίων.
δ. Τη συγκέντρωση των απόψεων των Γενικών Διευθύνσεων για την απάντηση σε ερωτήματα κοινοβουλευτικού ελέγχου.
ε. Τον έλεγχο εφαρμογής των μισθολογικών διατάξεων.
στ. Το συντονισμό για τον καθορισμό γενικών απαιτήσεων ανεφοδιασμού σε υλικά συντήρησης και καύσιμα.
ζ. Τη μέριμνα για το συντονισμό των διαδικασιών διάθεσης ή απαλλαγής του άχρηστου, πλεονάζοντος και πέραν επισκευής υλικού που διαθέτουν οι μονάδες.
η. Τη διαχείριση παγίων προκαταβολών και την εποπτεία αυτών, σε συνεργασία με τα αρμόδια τμήματα της Γενικής Διεύθυνσης.
θ. Τη μέριμνα για το χρηματικό εφοδιασμό των μονάδων.
ι. Την εκτέλεση δικαστικών αποφάσεων. ια. Τον προέλεγχο πάσης φύσεως δαπανών.