Η Μονάδα Πτητικών Μέσων λειτουργεί σε επίπεδο Διεύθυνσης και αποτελείται από τα κάτωθι τμήματα:

Α) Τμήμα Πτητικών Λειτουργιών Αεροσκαφών με αρμοδιότητες:

α. Τον προγραμματισμό, την εκτέλεση, την αξιολόγηση του από αέρα ελέγχου και την πιστοποίηση των αεροναυτιλιακών διαδικασιών.
β. Τη σχεδίαση και εκτέλεση του πτητικού έργου των αεροσκαφών της Υπηρεσίας και τη μέριμνα ετοιμότητας αυτών.

Β) Τμήμα Από Αέρος Ελέγχου Ραδιοβοηθημάτων Τηλεπικοινωνιών και Ραντάρ με αρμοδιότητες:

α. Τον προγραμματισμό και την αξιολόγηση του από τον αέρα ελέγχου λειτουργίας των Ραδιοβοηθημάτων, Τηλεπικοινωνιών ΡΑΝΤΑΡ και ελέγχου καταλληλότητας θέσεων εγκαταστάσεως νέων ραδιοβοηθημάτων, σταθμών τηλεπικοινωνιών και ΡΑΝΤΑΡ.
β. Τη συντήρηση και επισκευή του ειδικού ηλεκτρονικού εξοπλισμού αεροσκαφών.

Γ) Τμήμα Τεχνικής Συντήρησης με αρμοδιότητες:

α. Τη μέριμνα για τη συντήρηση των αεροσκαφών της Υπηρεσίας σύμφωνα με το PART145 του κανονισμού ΕΚ 2042/2003 της επιτροπής ο οποίος αφορά στη διαρκή αξιοπλοΐα των αεροσκαφών, των αεροναυτικών προϊόντων, των εξαρτημάτων και του εξοπλισμού για την έγκριση των φορέων και του προσωπικού που είναι αρμόδιοι για τα εν λόγω καθήκοντα.
β. Τη διαχείριση της διαρκούς αξιοπλοίας των αεροσκαφών της μονάδας πτητικών μέσων της Υπηρεσίας σύμφωνα με το PARTM του κανονισμού 1321/2014 της επιτροπής για τη διαρκή αξιοπλοΐα του αεροσκάφους και των αεροναυτικών προϊόντων, εξαρτημάτων και εξοπλισμού και την έγκριση των φορέων και του προσωπικού που είναι αρμόδιο για τα εν λόγω καθήκοντα.

Δ) Αυτοτελές Γραφείο Συμμόρφωσης απευθείας υπαγόμενο στη Διεύθυνση με αρμοδιότητες:

α. Τη λειτουργία παρακολούθησης της συμμόρφωσης του αερομεταφορέα προς τις σχετικές απαιτήσεις των Κανονισμών (ΕΕ) αριθμ. 965/2012 και 1321/2014 της Επιτροπής.
β. Την παρακολούθηση της συμμόρφωσης περιλαμβάνει σύστημα ανατροφοδότησης των ευρημάτων στον υπόλογο διευθυντή της ΜΠΜ, προκειμένου να εξασφαλίζονται τα όποια αναγκαία διορθωτικά μέτρα που αφορούν αφενός τις πτητικές λειτουργίες της Μονάδας και αφετέρου τη συντήρηση και τη διαχείριση της διαρκούς αξιοπλοίας των αεροσκαφών της.