Οι κάτωθι οργανικές μονάδες Λειτουργίας Περιφερειακών Αερολιμένων, υπάγονται απευθείας στη Γενική Διεύθυνση Φορέα Διαχείρισης Αερολιμένων και Υδατοδρομίων, και λειτουργούν σε επίπεδο Τμήματος:
Α) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Αστυπάλαιας
Β) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Αράξου
Γ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Ικαρίας
Δ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Καλύμνου
Ε) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Καρπάθου
ΣΤ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Ιωαννίνων
Ζ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Μήλου
Η) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Πάρου
Θ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Νάξου
Ι) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Σύρου
ΙΑ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Νέας Αγχιάλου
IB) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Πάχης Μεγάρων
ΙΓ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Σκύρου
ΙΔ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Κηθύρων
ΙΕ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Χίου
ΙΣΤ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Καστοριάς
ΙΖ) Τμήμα Λειτουργίας Κρατικού Αερολιμένα Κοζάνης
ΙΗ) Τμήμα Λειτουργίας Δημοτικού Αερολιμένα Λέρου
ΙΘ) Τμήμα Λειτουργίας Δημοτικού Αερολιμένα Καστελόριζου
Κ) Τμήμα Λειτουργίας Δημοτικού Αερολιμένα Σητείας
ΚΑ) Τμήμα Λειτουργίας Δημοτικού Αερολιμένα Κάσου.
Τα τμήματα υπό στοιχεία Α' έως και ΚΑ' έχουν τις εξής αρμοδιότητες:
α. Τον έλεγχο όλων των αεροναυτιλιακών εγγράφων των αεροσκαφών και τον δειγματοληπτικό έλεγχο των πτυχίων και βεβαίωση των ωρών πτήσης των ιπταμένων,
β. Την καταχώριση κινήσεων αεροσκαφών για την είσπραξη τελών.
γ. Την εκπαίδευση στην πράξη αερολιμενικών υπαλλήλων.
δ. Την παρακολούθηση και τον έλεγχο της εφαρμογής υπό των αεροπορικών μεταφορέων, των διαλαμβανομένων στις οικείες άδειες όρων αεροπορικής εκμετάλλευσης.
ε. Τον έλεγχο της κάθε είδους κυκλοφορίας στο χώρο στάθμευσης, της κατάστασης της περιοχής κίνησης του αερολιμένα και την οργάνωση του χώρου στάθμευσης αεροσκαφών και την παρακολούθηση της ορθής εξυπηρέτησης των ευρισκομένων στους χώρους αυτούς.
στ. Το συντονισμό και την κατεύθυνση των ενεργειών σε περίπτωση αεροπορικού δυστυχήματος ή συμβάντος εντός του αερολιμένα.
ζ. Την παροχή οδηγών για την εκμετάλλευση ειδικών οχημάτων στην περιοχή κίνησης αεροσκαφών. Την εκτίμηση αναγκών και τον καθορισμό των προς διάθεση χώρων του αερολιμένα και την παρακολούθηση εφαρμογής των αντίστοιχων συμβατικών όρων (πλην οικονομικών).
η. Την παρακολούθηση και τη μέριμνα καλής λειτουργίας και εμφάνισης των εγκαταστάσεων του αεροσταθμού, την εφαρμογή συστημάτων και διαδικασιών διευκολύνσεων και τη λήψη μέτρων για την καλύτερη εξυπηρέτηση του επιβατικού κοινού και το χειρισμό θεμάτων Δημοσίων Σχέσεων.
θ. Την υλοποίηση και τον έλεγχο εφαρμογής των μέτρων ασφαλείας σύμφωνα με το πρόγραμμα ασφαλείας προς διασφάλιση του προσωπικού των χώρων των εγκαταστάσεων και της αεροπορικής κίνησης γενικά από κάθε είδους έκνομη ενέργεια.
ι. Την έκδοση ταυτοτήτων και αδειών εργασίας του πάσης φύσεως προσωπικού του αερολιμένα, των οργανισμών και επιχειρήσεων και χειρισμός θεμάτων ΠΣΕΑ.
ια. Τη συντήρηση των κτιρίων του αερολιμένα, την εκτέλεση των σχετικών εργασιών και την εκπόνηση των απαιτούμενων μελετών.
ιβ. Τη συντήρηση των ηλεκτρολογικών εγκαταστάσεων, των εγκαταστάσεων φωτοσήμανσης και του ηλεκτρολογικού εξοπλισμού του αερολιμένα.
ιγ. Τη συντήρηση των μηχανολογικών εγκαταστάσεων, του κλιματισμού των ηλεκτροπαραγωγών ζευγών και του μηχανολογικού εξοπλισμού του αερολιμένα.
ιδ. Τη συντήρηση των μεταφορικών μέσων των ειδικών οχημάτων των σωστικών και πυροσβεστικών μέσων του αερολιμένα.
ιε. Το χειρισμό θεμάτων διοίκησης και κατάστασης του προσωπικού.
ιστ. Τη διαχείριση χρηματικών διαθεσίμων του αερολιμένα και έγκριση δαπανών, τη διαχείριση πάγιας προκαταβολής και μισθοδοσίας προσωπικού αερολιμένα. ιζ. Τον υπολογισμό είσπραξης και αποδοχής εσόδων του αερολιμένα και την τήρηση οικονομικών στοιχείων.
ιη. Την εκμίσθωση χώρων και δικαιωμάτων του αερολιμένα και την παρακολούθηση εφαρμογής των οικονομικών όρων των συμβάσεων εκμεταλλεύσεων.
ιθ. Την εφοδιαστική υποστήριξη του αερολιμένα σε υλικά, διαχείριση υλικού και τήρηση προβλεπομένων λογιστικών βιβλίων.
κ. Την εκτέλεση δαπανών του αερολιμένα και τη γραμματειακή εξυπηρέτηση του Αερολιμένα.