1. Εάν ο φορολογούμενος δικαιούται επιστροφή φόρου, η Φορολογική Διοίκηση, αφού συμψηφίσει τους οφειλόμενους από τον φορολογούμενο φόρο με το ποσό προς επιστροφή, προβαίνει στην επιστροφή της τυχόν προκύπτουσας διαφοράς.

2. Το επιστρεπτέο ποσό καταβάλλεται στον φορολογούμενο εντός ενενήντα (90) ημερών από την υποβολή έγγραφου αιτήματος του φορολογουμένου, εκτός εάν προβλέπεται μικρότερο χρονικό διάστημα από άλλη διάταξη της φορολογικής νομοθεσίας.
Ειδικά για αιτήματα επιστροφής ΦΠΑ από υποκειμένους μη εγκατεστημένους στο εσωτερικό της χώρας, η Φορολογική Διοίκηση αποφαίνεται εντός τεσσάρων (4) μηνών από τη λήψη του σχετικού αιτήματος, εκτός εάν απαιτείται η προσκόμιση συμπληρωματικών στοιχείων οπότε η ως άνω προθεσμία παρατείνεται μέχρι οκτώ (8) μήνες.

3. Με έγγραφη δήλωση που περιλαμβάνεται στην αίτηση επιστροφής του φορολογουμένου, το επιστρεπτέο ποσό παρακρατείται με σκοπό το συμψηφισμό του με μελλοντικές οφειλές του φορολογουμένου.

4. Η αξίωση για επιστροφή φόρου, ο οποίος καταβλήθηκε αχρεώστητα παραγράφεται κατά το χρόνο που παραγράφεται το δικαίωμα της Φορολογικής Διοίκησης για έκδοση πράξης προσδιορισμού φόρου, σύμφωνα με τις παραγράφους 1 και 2 του άρθρου 36 του Κώδικα αναφορικά με την αντίστοιχη φορολογική υποχρέωση από την οποία πηγάζει η αξίωση προς επιστροφή.
Η παραγραφή της αξίωσης για επιστροφή φόρου που προκύπτει ότι καταβλήθηκε αχρεώστητα ως αποτέλεσμα έκδοσης πράξης για την ακύρωση ή την τροποποίηση άμεσου προσδιορισμού ή πράξης προσδιορισμού του φόρου ή πράξης επιβολής προστίμου, σύμφωνα με το άρθρο 63Β, παρατείνεται κατά ένα έτος από την ημερομηνία έκδοσης της πράξης ακύρωσης ή τροποποίησης, εφόσον η πράξη, η οποία ακυρώνεται ή τροποποιείται, εκδίδεται εντός του τελευταίου έτους της προθεσμίας παραγραφής ή μετά από τη συμπλήρωση του χρόνου παραγραφής κατά τις διατάξεις των παρ. 1 και 2 του άρθρου 36.

5. Με απόφαση του Γενικού Γραμματέα μπορούν να ορίζονται οι λεπτομέρειες για την εφαρμογή του παρόντος άρθρου.