Για παραβάσεις σχετικές με τον φόρο προστιθέμενης αξίας οι οποίες διαπιστώνονται κατόπιν ελέγχου, επιβάλλονται τα ακόλουθα πρόστιμα:

1. Σε περίπτωση μη έκδοσης φορολογικού στοιχείου ή έκδοσης ή λήψης ανακριβούς στοιχείου για πράξη που επιβαρύνεται με ΦΠΑ, επιβάλλεται πρόστιμο πενήντα τοις εκατό (50%) επί του φόρου που θα προέκυπτε από το μη εκδοθέν στοιχείο ή επί της διαφοράς, αντίστοιχα.
Το πρόστιμο αυτό δεν μπορεί να είναι κατώτερο, αθροιστικά ανά φορολογικό έλεγχο, των διακοσίων πενήντα (250) ευρώ, σε περίπτωση που ο φορολογούμενος είναι υπόχρεος τήρησης απλογραφικού λογιστικού συστήματος και των πεντακοσίων (500) ευρώ, σε περίπτωση που ο φορολογούμενος είναι υπόχρεος τήρησης διπλογραφικού λογιστικού συστήματος.
Σε περίπτωση διαπίστωσης, στο πλαίσιο μεταγενέστερου ελέγχου, εκ νέου διάπραξης της ίδιας παράβασης, εντός πενταετίας από την έκδοση της αρχικής πράξης, επιβάλλεται πρόστιμο εκατό τοις εκατό (100%) επί του φόρου που θα προέκυπτε από το μη εκδοθέν στοιχείο ή επί της διαφοράς, αντίστοιχα, το οποίο δεν μπορεί να είναι κατώτερο, αθροιστικά ανά φορολογικό έλεγχο, των πεντακοσίων (500) ευρώ, σε περίπτωση που ο φορολογούμενος είναι υπόχρεος τήρησης απλογραφικού λογιστικού συστήματος και των χιλίων (1.000) ευρώ, σε περίπτωση που ο φορολογούμενος είναι υπόχρεος τήρησης διπλογραφικού λογιστικού συστήματος.
Στην περίπτωση κάθε επόμενης ίδιας παράβασης στο πλαίσιο μεταγενέστερου ελέγχου εντός πενταετίας από την έκδοση της αρχικής πράξης, επιβάλλεται πρόστιμο διακόσια τοις εκατό (200%) επί του φόρου που θα προέκυπτε από το μη εκδοθέν στοιχείο ή επί της διαφοράς, αντίστοιχα, το οποίο δεν μπορεί να είναι κατώτερο, αθροιστικά ανά φορολογικό έλεγχο, των χιλίων (1.000) ευρώ, σε περίπτωση που ο φορολογούμενος είναι υπόχρεος τήρησης απλογραφικού λογιστικού συστήματος και των δύο χιλιάδων (2.000) ευρώ, σε περίπτωση που ο φορολογούμενος είναι υπόχρεος τήρησης διπλογραφικού λογιστικού συστήματος.

2. Σε κάθε περίπτωση όπου διαπιστώνεται, η υποβολή ανακριβών δηλώσεων ή η μη υποβολή δηλώσεων, υποβολή δηλώσεων, με συνέπεια τη μη απόδοση ή τη μειωμένη απόδοση ή την επιπλέον έκπτωση ή επιστροφή ΦΠΑ, επιβάλλεται πρόστιμο ίσο με ποσοστό πενήντα τοις εκατό (50%) επί του ποσού του φόρου που θα προέκυπτε από την μη υποβληθείσα δήλωση ή επί της διαφοράς, αντίστοιχα.

3. Σε περίπτωση άσκησης οικονομικής δραστηριότητας χωρίς να έχει υποβληθεί δήλωση έναρξης εργασιών, παρά την ύπαρξη σχετικής υποχρέωσης, επιβάλλεται πρόστιμο ίσο με ποσοστό πενήντα τοις εκατό (50%) επί του ποσού του ΦΠΑ που θα έπρεπε να είχε αποδοθεί για όλη τη διάρκεια λειτουργίας της οικονομικής δραστηριότητας.

4. Σε κάθε πρόσωπο μη υπόχρεο σε υποβολή δηλώσεων ΦΠΑ που εκδίδει φορολογικά στοιχεία με ΦΠΑ, χωρίς να έχει τέτοια υποχρέωση, επιβάλλεται πρόστιμο ίσο με ποσοστό πενήντα τοις εκατό (50%) επί του αναγραφόμενου φόρου που δεν αποδόθηκε.

5. Στην περίπτωση που επιβάλλονται τα πρόστιμα για παραβάσεις των παραγράφων 1, 3 και 4 για τις οποίες συντρέχει και περίπτωση παράβασης της παραγράφου 2 περί υποβολής ανακριβούς ή μη υποβολής δήλωσης, τα πρόστιμα αυτά αφαιρούνται από το πρόστιμο της παραγράφου 2. Ειδικά στην περίπτωση επιβολής προστίμων για παραβάσεις της παραγράφου 1 για τις οποίες συντρέχει και περίπτωση παράβασης της παραγράφου 2, αφαιρείται το αναλογικό πρόστιμο του 50% και όχι το ελάχιστο πρόστιμο των διακοσίων πενήντα (250) ή πεντακοσίων (500) ευρώ ή το επιβληθέν σε επόμενους ελέγχους διπλάσιο ή τετραπλάσιο πρόστιμο για διάπραξη ιδίων παραβάσεων εντός πενταετίας.