1. Ο υπόχρεος, εφόσον αμφισβητεί οποιαδήποτε πράξη που έχει εκδοθεί σε βάρος του από τη Φορολογική Διοίκηση ή σε περίπτωση σιωπηρής άρνησης, οφείλει να υποβάλει ενδικοφανή προσφυγή με αίτημα την επανεξέταση της πράξης στο πλαίσιο διοικητικής διαδικασίας από την Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης της Φορολογικής Διοίκησης. Η αίτηση υποβάλλεται στη φορολογική αρχή που εξέδωσε την πράξη ή παρέλειψε την έκδοσή της και πρέπει να αναφέρει τους λόγους και τα έγγραφα στα οποία ο υπόχρεος βασίζει το αίτημά του. Η αίτηση πρέπει να υποβάλλεται από τον υπόχρεο εντός τριάντα (30) ημερών από την ημερομηνία κοινοποίησης της πράξης σε αυτόν ή από τη συντέλεση της παράλειψης. Η προθεσμία του προηγούμενου εδαφίου αναστέλλεται κατά το χρονικό διάστημα από 1 έως 31 Αυγούστου. Η προθεσμία του προηγουμένου εδαφίου ορίζεται σε εξήντα (60) μέρες για φορολογούμενους κατοίκους εξωτερικού.

2. Η Φορολογική Διοίκηση αποστέλλει την ενδικοφανή προσφυγή του υπόχρεου, συνοδευόμενη από σχετικά έγγραφα και τις απόψεις αυτής, εντός επτά (7) ημερών από την υποβολή, στην Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης της Φορολογικής Διοίκησης, προκειμένου η τελευταία να αποφανθεί.

3. Με την άσκηση της ενδικοφανούς προσφυγής αναστέλλεται η καταβολή ποσοστού πενήντα τοις εκατό (50%) του αμφισβητούμενου ποσού, υπό την προϋπόθεση ότι έχει καταβληθεί το υπόλοιπο πενήντα τοις εκατό (50%).
Η αναστολή, σύμφωνα με το προηγούμενο εδάφιο, δεν ισχύει επί του άμεσου προσδιορισμού του φόρου, καθώς και επί πράξης διοικητικού προσδιορισμού του φόρου, που εκδίδεται με βάση στοιχεία που έχουν παρασχεθεί από τον φορολογούμενο σε φορολογική του δήλωση.

4. Ο υπόχρεος έχει δικαίωμα να υποβάλει, ταυτόχρονα με την ενδικοφανή προσφυγή και αίτημα αναστολής της καταβολής που προβλέπεται στην παράγραφο 3. Η Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης δύναται να αναστείλει την εν λόγω πληρωμή, μέχρι την έκδοση της απόφασής της, μόνο στην περίπτωση κατά την οποία η πληρωμή θα είχε ως συνέπεια ανεπανόρθωτη βλάβη για τον υπόχρεο. Εάν δεν εκδοθεί απόφαση εντός τριάντα (30) ημερών από την υποβολή της αίτησης στη Φορολογική Διοίκηση, η αίτηση αναστολής θεωρείται ότι έχει απορριφθεί. Τυχόν αναστολή της πληρωμής δεν απαλλάσσει τον υπόχρεο από την υποχρέωση καταβολής των τόκων λόγω εκπρόθεσμης καταβολής του φόρου.

5. Εντός εκατόν είκοσι (120) ημερών από την υποβολή της ενδικοφανούς προσφυγής στη Φορολογική Διοίκηση, η Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης εκδίδει απόφαση, την οποία κοινοποιεί στον υπόχρεο, λαμβάνοντας υπόψη την προσφυγή, τις πληροφορίες που έλαβε από τον υπόχρεο και τις απόψεις της αρμόδιας φορολογικής αρχής, καθώς και κάθε άλλη πληροφορία που είναι σχετική με την υπόθεση. 
Η προθεσμία του προηγούμενου εδαφίου αναστέλλεται κατά το χρονικό διάστημα από 1 έως 31 Αυγούστου. 
Σε περίπτωση που για το ζήτημα που έχει τεθεί με την ενδικοφανή προσφυγή, η εξέταση της οποίας εκκρεμεί ενώπιον της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης, έχει δημοσιευθεί πράξη του Συμβουλίου της Επικρατείας σύμφωνα με τις παραγράφους 1 και 2 του άρθρου 1 του ν. 3900/2010 (Α' 213), ο υπόχρεος δύναται να υποβάλει αίτηση ενώπιον του Προϊσταμένου της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης, για αναστολή της προθεσμίας των εκατόν είκοσι (120) ημερών, για όσο διάστημα εκκρεμεί η κρίση του Συμβουλίου της Επικρατείας. Ο Προϊστάμενος της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης, εφόσον διαπιστώσει την ταυτότητα του νομικού ζητήματος, εκδίδει απόφαση αναστολής της προθεσμίας, πριν από την πάροδο της προθεσμίας των εκατόν είκοσι (120) ημερών, η οποία κοινοποιείται στον υπόχρεο. Η αναστολή καταλαμβάνει το σύνολο της ενδικοφανούς προσφυγής και ανατρέχει στην ημερομηνία δημοσίευσης της πράξης του Συμβουλίου της Επικρατείας, σύμφωνα με την παρ. 1 του άρθρου 1 του ν. 3900/2010 ή, σε περίπτωση που η ενδικοφανής προσφυγή υποβληθεί μεταγενέστερα της ημερομηνίας δημοσίευσης της πράξης του Συμβουλίου της Επικρατείας, στην ημερομηνία υποβολής της ενδικοφανούς προσφυγής. Μετά την κοινοποίηση της απόφασης του Συμβουλίου της Επικρατείας στην Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης συνεχίζει η προθεσμία των εκατόν είκοσι (120) ημερών για έκδοση απόφασης επί της ενδικοφανούς προσφυγής. Σε περίπτωση που η προθεσμία που απομένει για έκδοση απόφασης επί της ενδικοφανούς προσφυγής υπολείπεται των τριάντα (30) ημερών, η προθεσμία των εκατόν είκοσι (120) ημερών παρατείνεται αυτοδικαίως για επιπλέον τριάντα (30) ημέρες.
Αν η Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης το κρίνει απαραίτητο, δύναται να καλέσει τον υπόχρεο σε ακρόαση. Σε περίπτωση που προσκομισθούν νέα στοιχεία στην Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης ή γίνει επίκληση νέων πραγματικών περιστατικών, ο υπόχρεος πρέπει να καλείται σε ακρόαση. Με απόφαση του Προϊσταμένου της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης, που εκδίδεται πριν από την πάροδο της ανωτέρω προθεσμίας των εκατόν είκοσι (120) ημερών και κοινοποιείται στον υπόχρεο, η εν λόγω προθεσμία δύναται να παρατείνεται άπαξ για τριάντα (30) ημέρες, σε περίπτωση που προσκομισθούν από τον υπόχρεο νέα στοιχεία ή γίνει επίκληση νέων πραγματικών περιστατικών κατά τις τελευταίες τριάντα (30) ημέρες πριν από την πάροδο της προθεσμίας των εκατόν είκοσι (120) ημερών για την έκδοση απόφασης επί της ενδικοφανούς προσφυγής.
Αν, εντός της ανωτέρω προθεσμίας, δεν εκδοθεί απόφαση τότε θεωρείται ότι η ενδικοφανής προσφυγή έχει απορριφθεί από την Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης και ο υπόχρεος έχει λάβει γνώση αυτής της απόρριψης κατά την εκπνοή της προθεσμίας αυτής. 
Στην περίπτωση των ενδικοφανών προσφυγών που υποβάλλονται στην αρμόδια φορολογική αρχή μέχρι τις 28.2.2014 η προθεσμία του πρώτου εδαφίου επεκτείνεται σε εκατόν είκοσι (120) ημέρες.
Ο Προϊστάμενος της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης μπορεί, με απόφασή του, να εξουσιοδοτεί άλλους υπαλλήλους της ίδιας υπηρεσίας, να υπογράφουν, με εντολή του, αποφάσεις επί ενδικοφανών προσφυγών και αιτήσεων αναστολής.

6. Αν με την απόφαση ακυρώνεται, μερικά ή ολικά, ή τροποποιείται η πράξη της φορολογικής αρχής, η Υπηρεσία Εσωτερικής Επανεξέτασης οφείλει να αιτιολογεί την απόφαση αυτή επαρκώς με νομικούς ή και πραγματικούς ισχυρισμούς. Σε περίπτωση απόρριψης της ενδικοφανούς προσφυγής, η αιτιολογία μπορεί να συνίσταται στην αποδοχή των διαπιστώσεων της οικείας πράξης προσδιορισμού φόρου. Σε κάθε περίπτωση η απόφαση πρέπει να περιέχει τουλάχιστον την οριστική φορολογική υποχρέωση του υπόχρεου, το καταλογιζόμενο ποσό και την προθεσμία καταβολής αυτού. Η φορολογική αρχή, της οποίας η πράξη ακυρώνεται για τυπικές πλημμέλειες, εκδίδει νέα πράξη σύμφωνα με τα οριζόμενα στην απόφαση της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης.

7. Η Φορολογική Διοίκηση δεν έχει δικαίωμα προσφυγής κατά της απόφασης της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης.

8. Κατά της απόφασης της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης ή της σιωπηρής απόρριψης της ενδικοφανούς προσφυγής λόγω παρόδου της προθεσμίας προς έκδοση της απόφασης, ο υπόχρεος δύναται να ασκήσει προσφυγή ενώπιον του αρμόδιου Διοικητικού Δικαστηρίου σύμφωνα με τις διατάξεις του Κώδικα Διοικητικής Δικονομίας. Για την αναστολή, λόγω άσκησης προσφυγής, ισχύουν ανάλογα οι διατάξεις της παραγράφου 3 του παρόντος άρθρου. Προσφυγή στα διοικητικά δικαστήρια απευθείας κατά οποιασδήποτε πράξης που εξέδωσε η Φορολογική Διοίκηση είναι απαράδεκτη.

9. Ο Γενικός Γραμματέας δύναται να εκδίδει τις αναγκαίες κανονιστικές πράξεις για την εφαρμογή του παρόντος άρθρου και ιδίως να καθορίζει τις λεπτομέρειες για τη λειτουργία της Υπηρεσίας Εσωτερικής Επανεξέτασης, την εφαρμοστέα διαδικασία και τον τρόπο έκδοσης των αποφάσεών της.