Ο διαχειριστής του Συστήματος υποχρεούται να διασφαλίζει την πρόσβαση στο Σύστημα τόσο σε επιχειρήσεις - μέλη των φορέων που συμμετέχουν ως εταίροι ή μέλη σε αυτόν, όσο και σε επιχειρήσεις - μη μέλη και επιπρόσθετα:
α. μεριμνά για την αποτελεσματική και αμερόληπτη λειτουργία του Συστήματος σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στον παρόντα,
β. λειτουργεί, ελέγχει και συντηρεί τα πληροφοριακά συστήματα και προγράμματα που είναι αναγκαία για την άσκηση των αρμοδιοτήτων του ως διαχειριστή, καθώς και τις αντίστοιχες υποδομές,
γ. παρακολουθεί και ελέγχει την τήρηση των κανόνων λειτουργίας του Συστήματος,
δ. διαθέτει τα αναγκαία μέσα που του επιτρέπουν να διαχειρίζεται τους κινδύνους στους οποίους είναι εκτεθειμένο το Σύστημα, να εφαρμόζει κατάλληλους μηχανισμούς για τον εντοπισμό των σημαντικών για τη λειτουργία του Συστήματος κινδύνων και να λαμβάνει αποτελεσματικά μέτρα για την αποτροπή τους,
ε. προβαίνει σε περιοδικούς ελέγχους των αρχείων καταγραφής για τον εντοπισμό πιθανών επιθέσεων ή παράνομης πρόσβασης και εξασφαλίζει την εφαρμογή ασφαλών πρακτικών σε όλα τα επίπεδα χρήσης και διαχείρισης του Συστήματος,
στ. διασφαλίζει την ομαλή και εύρυθμη διεξαγωγή των συναλλαγών, που διενεργούνται μέσω του Συστήματος,
ζ. διαθέτει τους κατάλληλους μηχανισμούς, οι οποίοι επιτρέπουν την αποτελεσματική και έγκαιρη οριστικοποίηση των συναλλαγών που διενεργούνται μέσω του Συστήματος,
η. καταγράφει και τηρεί το σύνολο των στοιχείων των συναλλαγών,
θ. παρέχει στην Ανεξάρτητη Αρχή Δημοσίων Εσόδων κάθε πληροφορία σχετικά με τις συναλλαγές,
ι. μεριμνά για τη διασφάλιση των συνθηκών του ελεύθερου ανταγωνισμού και ενημερώνει την Επιτροπή Ανταγωνισμού για κάθε περίπτωση, που μπορεί να υπόκειται σε διερεύνηση από αυτή,
ια. καταρτίζει τον Κώδικα Δεοντολογίας και Ορθής Πρακτικής, με τον οποίο ρυθμίζονται τα θέματα διαχείρισης, λειτουργίας και χρήσης του Συστήματος. Ο Κώδικας αυτός εγκρίνεται με απόφαση του ρυθμιστή, η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως,
ιβ. υποχρεούται να δημοσιεύει τους λογιστικούς λογαριασμούς του, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,
ιγ. δεν προβαίνει σε διακρίσεις μεταξύ των χρηστών του Συστήματος σε σχέση με την πρόσβαση σε αυτό και τη χρήση του,
ιδ. υποχρεούται στην τήρηση εμπιστευτικότητας των στοιχείων των συναλλαγών.