Τα Συμβούλια Πολεοδομικών Θεμάτων και Αμφισβητήσεων (ΣΥ.ΠΟ.Θ.Α.) έχουν τις εξής αρμοδιότητες:
α) εξετάζουν τις προσφυγές κατά των πορισμάτων των ελεγκτών δόμησης, τα οποία εκδίδονται κατά τη διαδικασία του ελέγχου εφαρμογής οικοδομικών αδειών του άρθρου 45,
β) ασκούν τις αρμοδιότητες των Συμβουλίων Χωροταξίας Οικισμού και Περιβάλλοντος του άρθρου 3 της 75724/1151/1983 (Β΄ 767) κοινής απόφασης των Υπουργών Προεδρίας της Κυβέρνησης και Χωροταξίας, Οικισμού και Περιβάλλοντος, καθώς και κάθε άλλη γνωμοδοτική αρμοδιότητα, η οποία προβλέπεται από τις διατάξεις για την έκδοση αποφάσεων από τον Γενικό Γραμματέα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, σύμφωνα με τα άρθρα 280 και 283 παρ. 3 του ν. 3852/2010. Γνωμοδοτήσεις που φέρουν πλημμελή ή ελλιπή αιτιολογία παραπέμπονται από τον Συντονιστή Αποκεντρωμένης Διοίκησης στο ΚΕ.ΣΥ.ΠΟ.ΘΑ.. Θέματα μείζονος σημασίας μπορεί να παραπέμπονται από το (ΣΥ.ΠΟ.Θ.Α. στο Κεντρικό Συμβούλιο Πολεοδομικών Θεμάτων και Αμφισβητήσεων (ΚΕ.ΣΥ.ΠΟ.Θ.Α.),
γ) διερευνούν τις υποθέσεις τέλεσης των παραβάσεων του άρθρου 96 του παρόντος που διαβιβάζονται από τους Ελεγκτές Δόμησης και τις υπηρεσίες δόμησης, συντάσσουν πόρισμα και προωθούν το σχετικό φάκελο στο Εποπτικό Συμβούλιο του άρθρου 156 του ν. 4389/2016 (Α΄ 94), προκειμένου αυτό να εισηγηθεί την επιβολή των κυρώσεων,
δ) γνωμοδοτούν στην περίπτωση της παραγράφου12 του άρθρου 42 του παρόντος.