1. α) Στην περίπτωση αυθαίρετων κατασκευών ή χρήσεων για τις οποίες μπορεί να εκδοθεί άδεια νομιμοποίησης, εφόσον καταβληθεί το παράβολο της περίπτωσης ι΄ του άρθρου 99 και εκδοθεί η σχετική οικοδομική άδεια νομιμοποίησης εντός δύο (2) ετών ή έγκριση εργασιών κατεδάφισης, εντός έξι (6) μηνών από την καταβολή του, δεν οφείλεται άλλο πρόστιμο. Αν παρέλθει άπρακτο το χρονικό διάστημα των δύο (2) ετών για λόγους που οφείλονται σε υπαιτιότητα του αιτούντος, εφαρμόζονται οι διατάξεις για την κατεδάφιση και επιβολή προστίμου αυθαιρέτων. Δεν συνυπολογίζεται στο χρονικό διάστημα των δύο (2) ετών, ο χρόνος καθυστέρησης έκδοσης της οικοδομικής άδειας για λόγους που δεν οφείλονται σε υπαιτιότητα του αιτούντος.
Άδεια νομιμοποίησης μπορεί να εκδοθεί και για κατασκευές των οποίων η οικοδομική άδεια ακυρώθηκε για τυπικό λόγο, με αμετάκλητη δικαστική απόφαση, με την προϋπόθεση ότι δεν παραβιάζονται οι πολεοδομικές διατάξεις που ίσχυαν κατά το χρόνο κατασκευής τους και εξακολουθούν να ισχύουν και μετά την έναρξη ισχύος του παρόντος.
β) Αν παρέλθει άπρακτο το χρονικό διάστημα των δύο (2) ετών και εφόσον δεν είναι δυνατή η έκδοση άδειας νομιμοποίησης αποκλειστικά για λόγους μεταβολής του πολεοδομικού καθεστώτος, επιτρέπεται η τροποποίηση των στοιχείων της δήλωσης, σύμφωνα με τις διατάξεις του παρόντος, προκειμένου να υπαχθεί η κατασκευή στο άρθρο 97. Για τις αυθαίρετες κατασκευές της παρούσας, μετά τη διόρθωση, δεν εφαρμόζονται τα οριζόμενα στην παράγραφο 5 του άρθρου 101.

2. Η διαδικασία του παρόντος άρθρου εφαρμόζεται και για κατασκευές ή εγκαταστάσεις ακινήτων στρατηγικών επενδύσεων, για τα οποία έχει υποβληθεί αίτηση ένταξης στη διαδικασία Στρατηγικών Επενδύσεων, σύμφωνα με τις διατάξεις των νόμων 3986/2011 (Α΄ 152) και 4146/2013 (Α΄ 90). Αν δεν εγκριθεί η αίτηση για το Ειδικό Σχέδιο κατά τις ανωτέρω διατάξεις εντός δύο (2) ετών από την υποβολή του αιτήματος, επιτρέπεται η υπαγωγή στις διατάξεις του παρόντος εντός αποκλειστικής προθεσμίας έξι (6) μηνών. Σε κάθε περίπτωση, απαιτείται η υπαγωγή στις διατάξεις της παραγράφου αυτής, αυθαίρετων κατασκευών ή χρήσεων και μετά την έγκριση των Ειδικών Σχεδίων, σύμφωνα τις διατάξεις των νόμων 3986/2011 και 4146/2013.

3. Στις περιπτώσεις της παραγράφου 1, η μεταβίβαση ή η σύσταση εμπραγμάτων δικαιωμάτων μπορεί να πραγματοποιηθεί πριν από την έκδοση της σχετικής οικοδομικής άδειας με την καταβολή ποσοστού 30% του συνολικού ποσού του προστίμου, με την προϋπόθεση να αναλάβει ο νέος κύριος την υποχρέωση να εκδώσει την άδεια τ, με ειδική μνεία στο σχετικό συμβολαιογραφικό έγγραφο.

4. Αυθαίρετες κατασκευές πριν από τις 28.7.2011, που έχουν κατεδαφιστεί από τους ιδιοκτήτες και για τις οποίες έχουν βεβαιωθεί πρόστιμα ανέγερσης και διατήρησης στην αρμόδια φορολογική αρχή και δεν έχει εκδοθεί αμετάκλητη δικαστική απόφαση για την κατεδάφισή τους, υπάγονται στις διατάξεις του παρόντος με την καταβολή παραβόλου ποσού πεντακοσίων (500) ευρώ. Για την υπαγωγή υποβάλλεται αίτηση, τεχνική έκθεση μηχανικού και αποδεικτικά στοιχεία για την κατεδάφιση, δεν απαιτούνται πρόσθετα στοιχεία και σχέδια και εφαρμόζεται η διαδικασία διαγραφής ανείσπρακτων βεβαιωθέντων προστίμων, σύμφωνα με τις διατάξεις του παρόντος.