1. Οι πιστώσεις για τη λειτουργία της Ρ.Α.Ε.Μ. και την καταβολή των αποζημιώσεων στους Αναδόχους εγγράφονται στον προϋπολογισμό της Ρ.Α.Ε.Μ., ο οποίος προσαρτάται στον Κρατικό Προϋπολογισμό.
Τον προϋπολογισμό συντάσσει ο Πρόεδρος της Ρ.Α.Ε.Μ., ο οποίος είναι και ο διατάκτης των δαπανών της.

2. Ποσοστό 0,5% επί του εκάστοτε ισχύοντος κομίστρου για υπεραστικές οδικές μεταφορές των επιβατών, καθώς και επί των ακαθαρίστων εισπράξεων από τέλη χρήσης δημοσίων σταθμών ή άλλων εγκαταστάσεων υπεραστικών λεωφορείων, αφαιρουμένων τυχόν κρατικών ενισχύσεων ή αντισταθμίσεων πάσης φύσεως, κατατίθεται σε ειδικό λογαριασμό και αποτελεί έσοδο της Ρ.Α.Ε.Μ..

3. Η εισφορά της προηγούμενης παραγράφου αρχίζει να παρακρατείται από τις ΚΤΕΛ Α.Ε. και τα ΚΤΕΛ του ν. 2963/2001 που εκτελούν υπεραστικό συγκοινωνιακό έργο από την πρώτη του επομένου μηνός από την ισχύ του παρόντος νόμου και καταβάλλεται κάθε τρίμηνο και το αργότερο εντός του επόμενου μήνα από τη λήξη κάθε τριμήνου. Σε περίπτωση μη καταβολής της ως άνω εισφοράς το ποσόν καταλογίζεται εις βάρος της υπόχρεης επιχείρησης, βεβαιώνεται ως δημόσιο έσοδο υπέρ της Ρ.Α.Ε.Μ. και εισπράττεται κατά τις διατάξεις του Κ.Ε.Δ.Ε..

4. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων, καθορίζονται οι αναγκαίες λεπτομέρειες για τη διαδικασία υπολογισμού, είσπραξης, διαχείρισης και απόδοσης των πόρων των παραγράφων 2 και 3 του παρόντος άρθρου.

5. Με τον Κανονισμό Εσωτερικής Λειτουργίας και Διαχείρισης του άρθρου 81 του παρόντος νόμου δύνανται να προβλέπονται και άλλοι πόροι υπέρ της Ρ.Α.Ε.Μ., ιδίως από τέλη για την επεξεργασία φακέλων ανάθεσης έργου υπεραστικών γραμμών ελεύθερης επιλογής ή την παροχή άλλων υπηρεσιών.

6. Πόροι της Ρ.Α.Ε.Μ. αποτελούν και πάσης φύσεως επιδοτήσεις, επιχορηγήσεις, χρηματοδοτήσεις ερευνητικών προγραμμάτων και κάθε άλλο έσοδο που προέρχεται από την Ευρωπαϊκή Ένωση και από διεθνείς οργανισμούς.