1. Όταν μεταξύ συνδεδεμένων, κατά την έννοια της επόμενης παραγράφου, επιχειρήσεων πραγματοποιούνται συναλλαγές με οικονομικούς όρους διαφορετικούς από εκείνους που θα είχαν συμφωνηθεί μεταξύ ανεξάρτητων επιχειρήσεων ή που έχουν συμφωνηθεί μεταξύ των συνδεδεμένων επιχειρήσεων και τρίτων, τα κέρδη τα οποία, χωρίς τους όρους αυτούς, θα είχαν πραγματοποιηθεί από την ημεδαπή επιχείρηση, αλλά τελικά δεν πραγματοποιήθηκαν λόγω των διαφορετικών όρων, προ σαυξάνουν τα καθαρά κέρδη της επιχείρησης ή μειώνουν τη ζημία που προκύπτει από τα βιβλία της, χωρίς να θίγεται το κύρος αυτών. Οι διατάξεις του προηγούμενου εδαφίου εφαρμόζονται ανάλογα και για συναλλαγές μεταξύ μόνιμης εγκατάστασης αλλοδαπής επιχείρησης στην Ελλάδα με το κεντρικό και με τις συνδεδεμένες εταιρείες του κεντρικού της στην αλλοδαπή, καθώς και για συναλλαγές μεταξύ ημεδαπής επιχείρησης και μόνι μης εγκατάστασής της στην αλλοδαπή.

2. Ως συνδεδεμένες νοούνται οι επιχειρήσεις μεταξύ των οποίων υπάρχει σχέση άμεσης ή έμμεσης ουσιώδους διοικητικής ή οικονομικής εξάρτησης ή ελέγχου, ιδίως λόγω συμμετοχής της μίας στο κεφάλαιο ή τη διοίκηση της άλλης ή λόγω συμμετοχής των ιδίων προσώπων στο κεφάλαιο ή στη διοίκηση και των δύο επιχειρήσεων, καθώς και οι επιχειρήσεις οι οποίες διαθέτουν σε μία από τις συνδεδεμένες τα ανωτέρω δικαιώματα ή δυνατότητες επιρροής.
Ειδικότερα, ως συνδεδεμένες νοούνται οι επιχειρήσεις οι οποίες:
α) Συνδέονται λόγω της συμμετοχής της μίας στην άλλη επιχείρηση, κατέχοντας άμεσα ή έμμεσα μετοχές, μερίδια, ή συμμετοχή στο κεφάλαιο τουλάχιστον τριάντα τρία τοις εκατό (33%), βάσει αξίας ή αριθμού, ή δικαιώματα σε κέρδη ή δικαιώματα ψήφου.
β) Συνδέονται με κάθε άλλη επιχείρηση που κατέχει άμεσα ή έμμεσα μετοχές, μερίδια δικαιώματα ψήφου ή συμμετοχής στο κεφάλαιο τουλάχιστον τριάντα τρία τοις εκατό (33%), βάσει αξίας ή αριθμού, ή δικαιώματα σε κέρδη ή δικαιώματα ψήφου σε μία από τις συνδεδεμένες επιχειρήσεις.
γ) Συνδέονται με κάθε άλλο πρόσωπο με το οποίο υπάρχει σχέση άμεσης ή έμμεσης ουσιώδους διοικητικής εξάρτησης ή ελέγχου ή το πρόσωπο αυτό ασκεί καθοριστική επιρροή ή έχει τη δυνατότητα καθοριστικής επιρροής στη λήψη των αποφάσεων της επιχείρησης ή σε περίπτωση που και τα δύο πρόσωπα έχουν σχέση άμεσης ή έμμεσης ουσιώδους διοικητικής εξάρτησης ή ελέγχου ή δυνατότητα καθοριστικής επιρροής από τρίτο πρόσωπο.

3. Ειδικά για τις συμβάσεις δανείου που συνάπτονται μεταξύ συνδεδεμένων επιχειρήσεων κατά την έννοια της προηγούμενης παραγράφου δεν εκπίπτουν οι δεδουλευμένοι τόκοι που καταβάλλονται ή πιστώνονται, κατά το μέρος που το συνολικό ύψος δανείων της δανειοδοτούμενης από τις δανειοδότριες υπερβαίνει κατά μέσο όρο και κατά διαχειριστική περίοδο το τριπλάσιο των ιδίων κεφαλαίων της δανειοδοτούμενης. Στην έννοια των τόκων της παραγράφου αυτής εμπίπτουν και οι τόκοι ο μολογιακών δανείων που καταβάλλονται σε συνδεδεμένες επιχειρήσεις. Στο συνολικό ύψος δανείων από συνδεδεμένες επιχειρήσεις προστίθενται και τα ομολογιακά δάνεια που εκδίδονται προς αυτές, καθώς και τα δάνεια που έχουν ληφθεί από τρίτες επιχειρήσεις για τα οποία έχει χορηγηθεί οποιασδήποτε μορφής εγγύηση από τις πιο πάνω συνδεδεμένες επιχειρήσεις. Οι διατάξεις της παραγράφου αυτής δεν εφαρμόζονται για τις ανώνυμες εταιρίες χρηματοδοτικής μίσθωσης του ν. 1665/1986 (Α΄183), τις εταιρίες πρακτορείας επιχειρηματικών απαιτήσεων του ν. 1905/1990 (Α΄ 147), τις εταιρίες ειδικού σκοπού του ν. 3156/2003 (Α΄ 157) και του ν. 3601/2007 (Α΄178) με έδρα στην Ελλάδα, τις εταιρίες παροχής πιστώ σεων του ν. 2937/2001 (Α΄ 169), τις Ανώνυμες Εταιρίες Παροχής Επενδυτικών Υπηρεσιών (Α.Ε.Π.Ε.Υ.) του ν.3606/ 2007 (Α΄ 195), καθώς και για τα πιστωτικά ιδρύμα τα που λειτουργούν στην Ελλάδα.

4. Τα επιπλέον κέρδη που προκύπτουν σύμφωνα με τις διατάξεις της παραγράφου 1 προσαυξάνουν τα ακαθάριστα έσοδα της επιχείρησης που προκύπτουν από τα βιβλία της, προκειμένου να ληφθούν υπόψη για τον υπολογισμό των οφειλόμενων φόρων, τελών και εισφορών στις λοιπές φορολογίες.

5. Αρμόδια υπηρεσία για τον τακτικό (οριστικό) φορολογικό έλεγχο των συνδεδεμένων επιχειρήσεων κατά την έννοια της παραγράφου 2, εφόσον μία τουλάχιστον από αυτές έχει υποχρέωση κατάρτισης φακέλου τεκμηρίωσης σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 39Α, είναι το Κέντρο Ελέγχου Μεγάλων Επιχειρήσεων. Στα πλαίσια του ελέγχου αυτού θα ελέγχεται και η ορθή τήρηση των διατάξεων της παραγράφου 1 λαμβάνοντας υπόψη τις «κατευθυντήριες οδηγίες του ΟΟΣΑ περί ενδοομιλικών τιμολογήσεων για τις πολυεθνικές επιχειρήσεις και τις φορολογικές αρχές», όπως κάθε φορά επικαιροποιούνται. Το Κέντρο Ελέγχου Μεγάλων Επιχειρήσεων είναι αρμόδιο και για τον τακτικό (οριστικό) φορολογικό έλεγχο των μονίμων εγκαταστάσεων αλλοδαπών επιχειρήσεων στην Ελλάδα, καθώς και των ημεδαπών επιχειρήσεων που έχουν μόνιμη εγκατάσταση στην αλλοδαπή όταν αυτές έχουν υποχρέωση κατάρτισης φακέλου τεκμηρίωσης. Με απόφαση του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων, ρυθμίζεται κάθε αναγκαία λεπτομέρεια για την εφαρμογή του παρόντος άρθρου, καθώς και ο ανακαθορισμός της ελεγκτικής αρμοδιότητας.