Η Αρχή απαρτίζεται από τρεις αυτοτελείς Μονάδες, με διακριτές αρμοδιότητες, προσωπικό και υποδομές, υπό κοινό Πρόεδρο. Οι Μονάδες συνεδριάζουν νόμιμα, εφόσον μετέχουν στη συνεδρίαση ο Πρόεδρος ή ο αναπληρωτής του και τα μισά τουλάχιστον από τα μέλη τους ή τους αναπληρωτές τους, και αποφασίζουν με την απόλυτη πλειοψηφία των παρόντων μελών. Σε περίπτωση ισοψηφίας υπερισχύει η ψήφος του Προέδρου.

Οι Μονάδες και οι αρμοδιότητές τους έχουν ως εξής:
1. Α' Μονάδα Διερεύνησης Χρηματοοικονομικών Πληροφοριών
 α) Η Α' Μονάδα συγκροτείται από τον Πρόεδρο και οκτώ (8) Μέλη της Αρχής με τους αναπληρωτές τους, με γνώση της αγγλικής γλώσσας και ειδικότερα: αα) ένα στέλεχος από το Σώμα Δίωξης Οικονομικού Εγκλήματος και ένα από τη Γενική Διεύθυνση Οικονομικής Πολιτικής του Υπουργείου Οικονομικών που προτείνονται από τον αρμόδιο Υπουργό, ββ) ένα στέλεχος από τη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων που προτείνεται από τον Γενικό Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων, γγ) ένα στέλεχος από το Υπουργείο Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων που προτείνεται από τον αρμόδιο Υπουργό, δδ) ένα στέλεχος από την Τράπεζα της Ελλάδος που προτείνεται από τον Διοικητή της, εε) ένα στέλεχος από την Επιτροπή Κεφαλαιαγοράς που προτείνεται από το Διοικητικό της Συμβούλιο, στστ) ένα στέλεχος από το Αρχηγείο της Ελληνικής Αστυνομίας που προτείνεται από τον Υπουργό Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη και ζζ) ένα στέλεχος από το Αρχηγείο του Λιμενικού Σώματος - Ελληνικής Ακτοφυλακής που προτείνεται από τον Υπουργό Ναυτιλίας και Αιγαίου.
 β) Η Α΄ Μονάδα πλαισιώνεται και υποστηρίζεται αυτοτελώς από διοικητικό και βοηθητικό προσωπικό, καθώς και από επιστημονικό προσωπικό με ειδικές γνώσεις και εμπειρία στην αντιμετώπιση υποθέσεων νομιμοποίησης εσόδων από εγκληματικές δραστηριότητες, χρηματοδότησης της τρομοκρατίας ή αντίστοιχης σοβαρής οικονομικής εγκληματικότητας, κατά προτίμηση δε και με γνώση της αγγλικής γλώσσας. Για τους ανωτέρω σκοπούς, συνιστώνται στην Αρχή πενήντα (50) θέσεις, από τις οποίες οι είκοσι πέντε (25) είναι θέσεις επιστημονικού προσωπικού. Οι θέσεις αυτές πληρούνται με αποσπάσεις από τους φορείς από όπου προέρχονται τα Μέλη της Μονάδας, καθώς και από την Επιτροπή Λογιστικής Τυποποίησης και Ελέγχων. Οι αποσπάσεις είναι τριετούς διάρκειας με δυνατότητα ανανέωσης. Δύο (2) κατ’ ανώτατο όριο θέσεις επιστημονικού προσωπικού μπορούν να πληρούνται με πρόσωπα εκτός του δημοσίου τομέα, με εξαιρετικά επιστημονικά ή επαγγελματικά προσόντα και τουλάχιστον πενταετή εμπειρία στο αντικείμενο της Μονάδας. Το εν λόγω προσωπικό προσλαμβάνεται με σύμβαση εργασίας ιδιωτικού δικαίου τριετούς διάρκειας που μπορεί να ανανεώνεται για μια ακόμα φορά.
 γ) Το προσωπικό της Μονάδας συγκεντρώνει, διερευνά και αξιολογεί τις αναφορές υπόπτων ή ασυνήθων συναλλαγών που υποβάλλουν στην Αρχή τα υπόχρεα πρόσωπα, καθώς και τις πληροφορίες που διαβιβάζονται στην Αρχή από άλλους δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς ή περιέρχονται σε αυτήν από τα μέσα ενημέρωσης, το διαδίκτυο ή οποιαδήποτε άλλη πηγή και αφορούν επιχειρηματικές, επαγγελματικές ή συναλλακτικές δραστηριότητες που ενδεχομένως σχετίζονται με νομιμοποίηση εσόδων από εγκληματικές δραστηριότητες ή χρηματοδότηση της τρομοκρατίας. Ομοίως, διερευνά και αξιολογεί κάθε τέτοια πληροφορία που διαβιβάζεται στην Αρχή από φορείς της αλλοδαπής, με τους οποίους και συνεργάζεται για την παροχή κάθε δυνατής συνδρομής. Η Μονάδα δίνει κατευθυντήριες οδηγίες στα υπόχρεα πρόσωπα και τους ανωτέρω φορείς αναφορικά με τη διαχείριση μιας υπόθεσης που εμπίπτει στην αρμοδιότητά της.
 δ) Σε επείγουσες περιπτώσεις ο Πρόεδρος διατάσσει τη δέσμευση των περιουσιακών στοιχείων των ελεγχόμενων φυσικών ή νομικών προσώπων, σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 48 παράγραφος 5. Μετά το πέρας μιας έρευνας η Μονάδα αποφασίζει αν πρέπει να τεθεί η υπόθεση στο αρχείο ή να παραπεμφθεί με αιτιολογημένο πόρισμά της στον αρμόδιο Εισαγγελέα, εφόσον τα συλλεγέντα στοιχεία κρίνονται επαρκή για μια τέτοια παραπομπή. Υπόθεση που αρχειοθετήθηκε μπορεί οποτεδήποτε να ανασυρθεί για να συνεχισθεί η έρευνα ή να συσχετισθεί με οποιαδήποτε άλλη έρευνα της Αρχής.
 ε) Η Μονάδα συμμετέχει σε διεθνείς φορείς ανταλλαγής πληροφοριών μεταξύ αντίστοιχων με αυτήν αρχών, ιδίως στο Δίκτυο των Μονάδων Διερεύνησης Χρηματοοικονομικών Πληροφοριών της Ευρωπαϊκής Ένωσης (FIU−Net) και στη διεθνή Ομάδα Έγκμοντ (Egmont Group), παρακολουθεί τις εργασίες τους και συμμετέχει σε ομάδες εργασίας των εν λόγω φορέων.
 στ) Στο τέλος κάθε έτους η Μονάδα υποβάλλει έκθεση των πεπραγμένων της στην Επιτροπή Θεσμών και Διαφάνειας της Βουλής και στους Υπουργούς Οικονομικών, Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και Προστασίας του Πολίτη.

2. Β΄ Μονάδα Οικονομικών Κυρώσεων κατά Υπόπτων Τρομοκρατίας
 α) Η Β΄ Μονάδα συγκροτείται από τον Πρόεδρο και δύο (2) Μέλη της Αρχής με γνώση της αγγλικής γλώσσας, και ειδικότερα: αα) ένα στέλεχος από το Αρχηγείο της Ελληνικής Αστυνομίας που προτείνεται από τον Υπουργό Προστασίας του Πολίτη, και ββ) ένα στέλεχος από το Υπουργείο Εξωτερικών που προτείνεται από τον αρμόδιο Υπουργό.
 β) Η Β΄ Μονάδα πλαισιώνεται και υποστηρίζεται αυτοτελώς από διοικητικό και βοηθητικό προσωπικό, καθώς και από επιστημονικό προσωπικό με ειδικές γνώσεις και εμπειρία στην αντιμετώπιση υποθέσεων τρομοκρατίας, κατά προτίμηση δε και με γνώση της αγγλικής γλώσσας.
 Για τους ανωτέρω σκοπούς, συνιστώνται στην Αρχή πέντε (5) θέσεις, από τις οποίες οι δύο (2) είναι θέσεις επιστημονικού προσωπικού. Οι θέσεις αυτές πληρούνται με αποσπάσεις από τους φορείς από όπου προέρχονται τα Μέλη της Μονάδας. Οι αποσπάσεις είναι τριετούς διάρκειας με δυνατότητα ανανέωσης.
 γ) Το προσωπικό της Μονάδας συγκεντρώνει και αξιολογεί τις πληροφορίες που διαβιβάζονται στην Αρχή από τις αστυνομικές και εισαγγελικές αρχές ή περιέρχονται σε αυτήν με οποιονδήποτε άλλον τρόπο και αφορούν στην τέλεση πράξης από αυτές που περιγράφονται στο άρθρο 187Α του Ποινικού Κώδικα. Ομοίως, διερευνά και αξιολογεί κάθε τέτοια πληροφορία που διαβιβάζεται στην Αρχή από φορείς της αλλοδαπής, με τους οποίους και συνεργάζεται για την παροχή κάθε δυνατής συνδρομής.
 δ) Ο Πρόεδρος και τα Μέλη της Μονάδας είναι αρμόδιοι για τις ενέργειες που προβλέπονται στο άρθρο 49 σχετικά με την εφαρμογή του μέτρου της δέσμευσης περιουσιακών στοιχείων που επιβάλλεται με αποφάσεις του Συμβουλίου Ασφαλείας του ΟΗΕ και των οργάνων του και με κανονισμούς και αποφάσεις της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Η Μονάδα είναι επίσης αρμόδια για τον προσδιορισμό των φυσικών και νομικών προσώπων ή οντοτήτων που σχετίζονται με την τρομοκρατία και τη δέσμευση των περιουσιακών τους στοιχείων, σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 49Α.
 ε) Στο τέλος κάθε έτους η Μονάδα υποβάλλει έκθεση των πεπραγμένων της στους Υπουργούς Εξωτερικών, Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και Προστασίας του Πολίτη.

3. Γ΄ Μονάδα Ελέγχου των Δηλώσεων Περιουσιακής Κατάστασης
 α) Η Γ΄ Μονάδα συγκροτείται από τον Πρόεδρο και δύο (2) Μέλη της Αρχής και ειδικότερα: αα) ένα στέλεχος από τη Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων του Υπουργείου Οικονομικών που προτείνεται από τον αρμόδιο Υπουργό και ββ) ένα στέλεχος από την Τράπεζα της Ελλάδος που προτείνεται από τον Διοικητή της.
 β) Η Γ΄ Μονάδα πλαισιώνεται και υποστηρίζεται αυτοτελώς από διοικητικό και βοηθητικό προσωπικό, καθώς και από επιστημονικό προσωπικό με ειδικές γνώσεις και εμπειρία στον έλεγχο περιουσιακών στοιχείων και τη διερεύνηση οικονομικών συναλλαγών. Για τους ανωτέρω σκοπούς, συνιστώνται στην Αρχή δεκαπέντε (15) θέσεις, από τις οποίες οι επτά (7) είναι θέσεις επιστημονικού προσωπικού. Οι θέσεις αυτές πληρούνται με αποσπάσεις από τους φορείς από όπου προέρχονται τα Μέλη της Μονάδας, καθώς και από τις Γραμματείες
 των Δικα στηρίων και των Εισαγγελιών. Οι αποσπάσεις είναι τριετούς διάρκειας με δυνατότητα ανανέωσης.
 γ) Η Μονάδα δέχεται τις δηλώσεις περιουσιακής κατάστασης όλων των προσώπων που υποχρεούνται στην υποβολή τέτοιας δήλωσης, πλην εκείνων που αναφέρονται στις περιπτώσεις α΄ έως και ε΄ της παρ. 1 του άρθρου 1, του άρθρου 14 του ν. 3213/2003 και του Προέδρου, των Μελών και του προσωπικού της Αρχής.
 Επιπλέον, διερευνά και αξιολογεί τις πληροφορίες που διαβιβάζονται ή περιέρχονται στην Αρχή σχετικά με τη μη υποβολή ή με ανακρίβειες των δηλώσεων αυτών, προβαίνοντας σε δειγματοληπτικό, κατά την κρίση της, ή στοχευμένο έλεγχο της περιουσιακής κατάστασης των υπόχρεων προσώπων. Ο έλεγχος, πέραν της διαπίστωσης της υποβολής και του αληθούς περιεχομένου της δήλωσης, περιλαμβάνει σε κάθε περίπτωση τη διακρίβωση, κατά πόσον η απόκτηση νέων περιουσιακών στοιχείων ή η επαύξηση υφιστάμενων δικαιολογείται από το ύψος των πάσης φύσεως εσόδων των υπόχρεων σε δήλωση προσώπων, σε συνδυασμό με τις δαπάνες διαβίωσής τους.
 Η Μονάδα μπορεί να καλεί τους ελεγχόμενους για να δώσουν διευκρινίσεις ή να προσκομίσουν συμπληρωματικά παραστατικά στοιχεία εντός ρητής προθεσμίας.
 δ) Μετά το πέρας ενός ελέγχου, η Μονάδα αποφασίζει αν πρέπει να τεθεί η υπόθεση στο αρχείο ή να παραπεμφθεί με αιτιολογημένο πόρισμά της στον αρμόδιο, κατά την παρ. 1 του άρθρου 10 του ν. 3213/2003, Εισαγγελέα, εφόσον τα συλλεγέντα στοιχεία κρίνονται επαρκή για μια τέτοια παραπομπή. Αν συντρέχει περίπτωση καταλογισμού κατά το άρθρο 12 του ν. 3213/2003, το πόρισμα αποστέλλεται και στον Γενικό Επίτροπο της Επικρατείας στο Ελεγκτικό Συνέδριο. Αν διαπιστωθεί ανάγκη διερεύνησης θεμάτων που εμπίπτουν στην αρμοδιότητα φορολογικής ή άλλης αρχής, το πόρισμα αποστέλλεται και στην αρχή αυτή. Υπόθεση που αρχειοθετήθηκε μπορεί οποτεδήποτε να ανασυρθεί για να συνεχισθεί ο έλεγχος ή να συσχετισθεί με οποιαδήποτε άλλη έρευνα της Αρχής.
 ε) Στο τέλος κάθε έτους η Μονάδα υποβάλλει έκθεση των πεπραγμένων της στην Επιτροπή Θεσμών και Διαφάνειας της Βουλής και στους Υπουργούς Οικονομικών και Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.