1. Η εποπτεία και ο έλεγχος της νοσηλευτικής μονάδας του Γ.Ν. Θήρας ασκείται από τον Υπουργό Υγείας και περιλαμβάνει:
α) τον τρόπο παροχής των υπηρεσιών υγείας,
β) το διοικητικό και οικονομικό έλεγχο,
γ) τον τρόπο άσκησης του ιατρικού και νοσηλευτικού έργου του ιδρύματος,
δ) την ορθή εφαρμογή της ειδικής προγραμματικής σύμβασης της παραγράφου 1 του άρθρου 51 του παρόντος νόμου.
Για τους σκοπούς της παρούσης παραγράφου, συγκροτείται στο Υπουργείο Υγείας, με απόφαση του Υπουργού, η οποία καθορίζει τη σύνθεσή της και το αντικείμενο ελέγχου, Επιτροπή Ελέγχου του Γ.Ν. Θήρας, η οποία θα επισκέπτεται το Γ.Ν. Θήρας, τουλάχιστον μία φορά κατ' έτος, προκειμένου να ελέγχει τη συμμόρφωση του Νοσοκομείου με τις συνθήκες λειτουργίας του. Η έκθεση της Επιτροπής, υποβάλλεται στον Υπουργό Υγείας, καθώς και στις αρμόδιες υπηρεσίες του Υπουργείου και της Α.Ε.Μ.Υ. Α.Ε.. Η Επιτροπή συνέρχεται και λειτουργεί σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία περί συλλογικών οργάνων. Με απόφαση του Υπουργού Υγείας, εκδίδεται, ετησίως, βεβαίωση καλής λειτουργίας του Νοσοκομείου και των εργαστηρίων του, κατόπιν σχετικής έκθεσης ελέγχου της ανωτέρω Επιτροπής.

2. Κάθε χρόνο, και έως δύο (2) μήνες από τη λήξη του, η διοίκηση της Α.Ε.Μ.Υ. Α.Ε., υποβάλει στον Υπουργό Υγείας, πλήρη και αναλυτικά οικονομικά στοιχεία λειτουργίας, καθώς και έκθεση πεπραγμένων του Γ.ν. Θήρας. Ο Υπουργός Υγείας, δύναται, οποτεδήποτε, να διατάξει έκτακτο έλεγχο οικονομικής και διοικητικής διαχείρισης του Νοσοκομείου. Οι δαπάνες ελέγχου βαρύνουν την Α.Ε.Μ.Υ. Α.Ε..

3. Το Γ.Ν. Θήρας, υποχρεούται να χορηγεί κάθε μορφής στοιχεία, με κάθε πρόσφορο τρόπο, σε αρμόδιες Υπηρεσίες του Υπουργείου, σύμφωνα με την καθορισμένη, προτυποποιημένη κάθε φορά μορφή και να διασυνδέεται με ηλεκτρονικό ή άλλον τρόπο με συστήματα διαχείρισης πληροφοριών του Υπουργείου Υγείας και του Ε.Σ.Υ..