Στη Γενική Γραμματεία για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς λειτουργούν τα εξής γραφεία:
α) Γραφείο συντονισμού δράσης και επιχειρησιακού σχεδιασμού του Σώματος Δίωξης Οικονομικού Εγκλήματος (Σ.Δ.Ο.Ε.). Ο συντονισμός ερευνών και ελέγχων για την καταπολέμηση οικονομικών παραβάσεων, εγκλημάτων και λοιπών παράνομων οικονομικών δραστηριοτήτων σε βάρος των οικονομικών συμφερόντων της Ε.Ε. διενεργείται από το παρόν γραφείο.
β) Γραφείο συντονισμού δράσης και επιχειρησιακού σχεδιασμού της Διεύθυνσης Οικονομικής Αστυνομίας,
γ) Γραφείο συντονισμού δράσης και επιχειρησιακού σχεδιασμού των Μονάδων Εσωτερικού Ελέγχου των Υπουργείων, και
δ) Γραφείο συντονισμού δράσης και επιχειρησιακού σχεδιασμού του Σ.Ε.Υ.Υ.Π.. Η Γενική Γραμματεία για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς στελεχώνεται:
α) με μετατασσόμενους ή αποσπώμενους μόνιμους υπαλλήλους ή υπαλλήλους Ι.Δ.Α.Χ. του Δημοσίου, Ν.Π.Δ.Δ., Ο.Τ.Α., Ν.Π.Ι.Δ. και λοιπών φορέων του Δημοσίου και του ευρύτερου δημόσιου τομέα, με απόφαση των συναρμόδιων Υπουργών, κατά παρέκκλιση από κάθε άλλη διάταξη νόμου και
β) με τους ειδικούς συμβούλους και τους ειδικούς συνεργάτες που προβλέπονται στο άρθρο 17Α. Η απόσπαση διαρκεί τρία (3) χρόνια και μπορεί να παραταθεί για μία ακόμη τριετία. Ο χρόνος της απόσπασης θεωρείται ως πραγματικός χρόνος υπηρεσίας του υπαλλήλου στην οργανική του θέση για κάθε συνέπεια. Με απόφαση του Υπουργού Επικρατείας ανατίθενται καθήκοντα Προϊσταμένων των Γραφείων Συντονισμού εκ του μετατασσόμενου ή αποσπώμενου προσωπικού.
Στη Γενική Γραμματεία λειτουργούν, επίσης, σύμφωνα με τις κείμενες διατάξεις:
α. Γραφείο Γενικού Γραμματέα.
β. Γραφείο Νομικού Συμβουλίου του Κράτους (Ν.Σ.Κ.).
γ. Γραφείο Διοικητικής-Οικονομικής Υποστήριξης.
δ. Γραφείο καταγγελιών. Το Γραφείο καταγγελιών λαμβάνει καταγγελίες αναφορικά:
αα) με υποθέσεις διαφθοράς στον δημόσιο και τον ιδιωτικό τομέα,
ββ) με υποθέσεις απάτης στα συγχρηματοδοτούμενα, διακρατικά και λοιπά προγράμματα. Με εγκύκλιο του Γενικού Γραμματέα καθορίζεται η διαδικασία υποδοχής, καταχώρισης, επεξεργασίας, αξιολόγησης και διαβίβασης των καταγγελιών στα αρμόδια ελεγκτικά σώματα, όπως και ο τρόπος παρακολούθησης της πορείας αυτών. Στη Γενική Γραμματεία για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς αποσπάται, ύστερα από απόφαση του Ανώτατου Δικαστικού Συμβουλίου, για χρονικό διάστημα τριών (3) ετών, ένας εισαγγελικός λειτουργός με βαθμό Αντεισαγγελέα Εφετών ή Εισαγγελέα Πρωτοδικών. Με όμοια απόφαση η απόσπαση μπορεί να παραταθεί για μία ακόμα τριετία. Ο εισαγγελικός λειτουργός εκτελεί τα καθήκοντά του με πλήρη και αποκλειστική απασχόληση, ελέγχει τη νομιμότητα λειτουργίας του Γραφείου Καταγγελιών και εποπτεύει την διαδικασία καταχώρισης, επεξεργασίας, αξιολόγησης και διαβίβασης των καταγγελιών στους αρμόδιους φορείς. Σε περίπτωση προαγωγής, η απόσπαση του εισαγγελικού λειτουργού παραμένει σε ισχύ μέχρι τη λήξη της θητείας του.
ε. Γραφείο Εθνικού Στρατηγικού Σχεδιασμού Καταπολέμησης της Διαφθοράς με αρμοδιότητα την υλοποίηση των αναφερομένων στο άρθρο 10 προγραμμάτων.
στ. Γραφείο Συντονισμού Πολιτικών Καταπολέμησης της Απάτης. Το Γραφείο αναλαμβάνει πρωτοβουλίες, υλοποιεί δράσεις και συντονίζει τους εμπλεκόμενους εθνικούς φορείς και υπηρεσίες για την εκπλήρωση των υποχρεώσεων της Ελλάδας σε σχέση με την προστασία των οικονομικών συμφερόντων της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Επιπλέον, το Γραφείο συνεργάζεται και με ευρωπαϊκούς και διεθνείς φορείς και οργανισμούς στο πεδίο της αρμοδιότητάς του.
Η δαπάνη μισθοδοσίας των υπαλλήλων που αποσπώνται στη Γενική Γραμματεία για την Καταπολέμηση της Διαφθοράς βαρύνει τον φορέα προέλευσης, σε κάθε δε περίπτωση οι αποδοχές των υπαλλήλων που αποσπώνται δεν υπολείπονται του συνόλου των αποδοχών και των λοιπών πρόσθετων αμοιβών που τους καταβάλλονταν από τον φορέα προέλευσης, με τις προϋποθέσεις χορήγησής τους. Ο Γενικός Γραμματέας ορίζεται κύριος διατάκτης των πιστώσεων που εγγράφονται κάθε έτος σε ειδικό φορέα του προϋπολογισμού του Υπουργείου Οικονομικών, ο οποίος αναλαμβάνει με αποφάσεις του τις σχετικές υποχρεώσεις.