Η παράγραφος 2 του άρθρου 4 του ν. 3199/2003, όπως τροποποιήθηκε με την παράγραφο 1 γ του άρθρου πέμπτου του ν. 4117/2013, αντικαθίσταται ως εξής:
«2. Η Ειδική Γραμματεία Υδάτων αποτελεί ενιαίο διοικητικό τομέα του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, του οποίου προΐσταται μετακλητός Ειδικός Γραμματέας με βαθμό Β' της κατηγορίας ειδικών θέσεων, με τετραετή θητεία και οργανώνεται σε διευθύνσεις και Τμήματα με κοινή απόφαση των Υπουργών Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, Οικονομικών και Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης.»