Η Γενική Γραμματεία Συντονισμού διαρθρώνεται στις ακόλουθες οργανικές μονάδες: 
α) Ιδιαίτερο Γραφείο Γενικού Γραμματέα 
β) Υπηρεσία Διοίκησης 
γ) Υπηρεσία Προγραμματισμού 
δ) Γραφείο Τεκμηρίωσης και Αρχείων 
ε) Τομείς:
εα) Τομέας Εξωτερικών και Εθνικής Άμυνας 
εβ) Τομέας Οικονομικών, Εσωτερικών, Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης
εγ) Τομέας Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας, Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων και Μακεδονίας και Θράκης
εδ) Τομέας Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού
εε) Τομέας Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης, Πρόνοιας και Υγείας
εστ) Τομέας Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων και Περιβάλλοντος
εζ) Τομέας Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη
εη) Τομέας Τουρισμού και Ναυτιλίας.